fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) addreplacerg adds or replaces RG tags markdup mark duplicates 示例: 2.4.1)samtools markdup RNA-seq.bam RNA-seq. markdup.bam #进行duplicates标记 2.6)统计 -- Statistics bedcov read depth...
$samtools fixmate -m sample.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #对染色体名称进行排序 $samtools sort -t rname -o sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #去除pcr重复 $samtools markdup -r sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.markdup.bqsr.bam # 比较一下去重前和去重后...
要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回结果发送到标准输出(UNIX STDOUT),因此需要使用重定向运算符 (“>”) 将其重定向到BAM文件,或者添加-o参数,指定输出文件名。 #将sam文件转换成bam文件samtools view-S...
faidx 创建索引、提取序列，创建索引文件如hg19.fa.fai，可使用此索引文件提取特定序列。fqidxindex 各种工具都需要BAM索引文件，如IGV，用于可视化BAM文件，生成.bai文件以进行BAM文件索引。编辑calmd 将SEQ的序列品牌改为=，进行序列编辑。fixmate 去除PCR重复时，使用fixmate添加mate score标签，需注意bam...
fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (forfosmid poolonly) addreplacerg addsorreplaces RG tags markdup mark duplicates-- File operationscollateshuffleandgroupalignmentsbyname cat concatenate BAMsmergemergesorted alignments ...
fixmate fix mate information reheader replaceBAMheader rmdupremovePCRduplicates targetcut cut fosmid regions(forfosmid pool only)addreplacerg adds or replacesRGtags--Fileoperations collate shuffle andgroupalignments by name cat concatenateBAMsmerge merge sorted alignments ...
9)samtools fixmate <in.nameSrt.bam> <out.bam>,为以名称排序的定位alignment填入配对坐标,ISIZE(inferred insert size猜测的插入序列大小)和配对相应的标签(flag) 10)samtools rmdup <out.bam>,移除潜在的PCR重复:如果多个读段含有相同的外部位点(external coordinates),只保留那些高mapping质量的碱基对。这一...
(参考资料)Samtools文档翻译及简单示例
1.1.6 输出最终文件: BAM: samtools view -@8 markdup.bam -o final.bam 1.2 合并流程 上面的命令可以用管道符传递从而避免临时文件的生成从而节省磁盘空间 minimap2 -t 8 -a -x sr C.Elegans.fa SRR065390_[12].fastq | \ samtools fixmate -u -m - - | \ ...
samtools fixmate in.namesorted.sam out.bam samtools mpileup -C50 -gf ref.fasta -r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta samtools flags PAIRED,UNMAP,MUNMAP samtools bam2fq input.bam > output.fastq ...