$samtools fixmate -m sample.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #对染色体名称进行排序 $samtools sort -t rname -o sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #去除pcr重复 $samtools markdup -r sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.markdup.bqsr.bam # 比较一下去重前和去重后...
fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) addreplacerg adds or replaces RG tags markdup mark duplicates 示例: 2.4.1)samtools markdup RNA-seq.bam RNA-seq. markdup.bam #进行duplicates标记 2.6)统计 -- Statistics bedcov read depth...
要将SAM转换为BAM,使用samtools view命令,使用-S参数指定我们的输入是SAM格式(默认BAM),使用-b参数指定输出格式是BAM(默认BAM)。Samtools会将返回结果发送到标准输出(UNIX STDOUT),因此需要使用重定向运算符 (“>”) 将其重定向到BAM文件,或者添加-o参数,指定输出文件名。 #将sam文件转换成bam文件samtools view-S...
samtools view -bS in.sam > in.bam 是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam 2、查看bam文件的header信息 samtools view -H in.bam 3、取出bam文件的一部分 samtools view -b your.bam Chr1 > Chr1.bam -b指定是输出文件为bam, Chr1指定你要看的是哪一部分, 这里指看Chr1那一...
fqidxindex 各种工具都需要BAM索引文件，如IGV，用于可视化BAM文件，生成.bai文件以进行BAM文件索引。编辑calmd 将SEQ的序列品牌改为=，进行序列编辑。fixmate 去除PCR重复时，使用fixmate添加mate score标签，需注意bam文件排序。reheader、targetcut、add、replace、rg、mark、dup 去除pcr重复并进行相关操作...
fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (forfosmid poolonly) addreplacerg addsorreplaces RG tags markdup mark duplicates-- File operationscollateshuffleandgroupalignmentsbyname cat concatenate BAMsmergemergesorted alignments ...
9)samtools fixmate <in.nameSrt.bam> <out.bam>,为以名称排序的定位alignment填入配对坐标,ISIZE(inferred insert size猜测的插入序列大小)和配对相应的标签(flag) 10)samtools rmdup <out.bam>,移除潜在的PCR重复:如果多个读段含有相同的外部位点(external coordinates),只保留那些高mapping质量的碱基对。这一...
(参考资料)Samtools文档翻译及简单示例
samtools fixmate in.namesorted.sam out.bam samtools mpileup -C50 -gf ref.fasta -r chr3:1,000-2,000 in1.bam in2.bam samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta samtools flags PAIRED,UNMAP,MUNMAP samtools bam2fq input.bam > output.fastq ...
Samtools是一系列处理BAM格式序列的应用。它从SAM(Sequence Alignment/Map)格式输入或者输出为SAM格式,可以进行排序,合并和建立索引,并且允许快速地检索任意区域的读段(reads)。 命令和选项: 1)samtoolsview[‐bhuHS] [‐t in.refList] [‐o output] [‐f reqFlag] [‐F skipFlag] [‐q minMapQ] [‐l lib...