生物信息学必备技能:一文解锁Samtools 高通量测序技术让生物信息学领域数据量激增,如何高效处理这些数据成了科研人员和学生的难题。在众多工具中,Samtools 表现亮眼,不管是基因组学还是转录组学研究,都能助力数据处理。它到底有什么厉害之处?接下来,一起深入了解这个强大工具集。 SAMtools 是一个由李恒博士开发的开源软...
sambamba 是一个 BAM 文件处理工具。 它使用了 D 语言的多线程和异步 IO 特性,实现了高效的并行化处理。sambamba 可以在多核 CPU 上同时运行多个任务,利用硬盘和内存的带宽,提高了处理速度。sambamba 还使用了一些优化算法和数据结构,比如快速排序,哈希表,位图等,减少了内存占用和磁盘读写。 sambamba 支持 samtools...
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After runningsamtools collate -@ 1 -O -u mapped.bam 2> map.log | samtools fixmate -Mrcm - out.bam, only the first of these is retained (sequences match), and the SAM flag is now invalid (72: mate unmapped, first in pair, but paired bit not set): A01174:196:HGKFNDSX2:4:16...
samtools 用法 samtools [options] command 见以下列表, 每个 command 的 options 也不同 dict faidx index calmd fixmate reheader rmdup targetcut addreplacerg collatecatmerge mpileup #sortsplitquickcheck fastq fasta bedcov depth flagstat idxstats phase...