sambamba 是一个 BAM 文件处理工具。 sambamba 它使用了 D 语言的多线程和异步 IO 特性,实现了高效的并行化处理。sambamba 可以在多核 CPU 上同时运行多个任务,利用硬盘和内存的带宽,提高了处理速度。sambamba 还使用了一些优化算法和数据结构,比如快速排序,哈希表,位图等,减少了内存占用和磁盘读写。 sambamba 支持...
sambamba 是一个 BAM 文件处理工具。 它使用了 D 语言的多线程和异步 IO 特性,实现了高效的并行化处理。sambamba 可以在多核 CPU 上同时运行多个任务,利用硬盘和内存的带宽,提高了处理速度。sambamba 还使用了一些优化算法和数据结构,比如快速排序,哈希表,位图等,减少了内存占用和磁盘读写。 sambamba 支持 samtools...
No longer removes paired flag from reads that have no mate (either removed or missing). Fixes #2052 using the idea that the PAIRED flag is a sequencing technology indicator not a feature of alignment. This is a change in the behaviour of fixmate. Now no longer removes PAIRED flag. … a...
After runningsamtools collate -@ 1 -O -u mapped.bam 2> map.log | samtools fixmate -Mrcm - out.bam, only the first of these is retained (sequences match), and the SAM flag is now invalid (72: mate unmapped, first in pair, but paired bit not set): A01174:196:HGKFNDSX2:4:16...
复制 samtools sort-n-o namesort.bam example.bam 必须是-n,不能省略 Add ms and MC tags for markdup to use later 代码语言:javascript 复制 samtools fixmate-m namesort.bam fixmate.bam -m不能少 Markdup needs position order 代码语言:javascript ...
Please run samtools fixmate on file first.\n"); return 1; } // work out orientations if (this_ref != other_ref) { leftmost = this_ref < other_ref; } else { if (bam_is_rev(bam) == bam_is_mrev(bam)) { if (!bam_is_rev(bam)) { leftmost = this_coord <=...