samtools fixmate -O bam,level=1 -m CE.sam fixmate.bam 1.1.4 sort to positinal order 可以根据基因组的染色体位置来对BAM进行排序: samtools sort -l 1 -@8 -o pos.srt.bam -T /tmp/example_prefix fixmate.bam -@8用于开启并行计算,samtools sort中的-m用于提供更多的内存以加快计算速度(每个线...
由于BWA和其它的比对工具在生成sam文件时会记录一些不正常的alignment,因此首先对数据进行清洗与整理: samtools fixmate -O bam <lane.sam> <lane_fixmate.bam> 从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o<lane_sorted.bam>-T </tmp/lane_temp><lane_fixmate.sam> (2)improvement...
faidx index/extractFASTAindex index alignment--Editingcalmd recalculate MD/NMtags and'='bases fixmate fix mate information reheader replaceBAMheader rmdupremovePCRduplicates targetcut cut fosmid regions(forfosmid pool only)addreplacerg adds or replacesRGtags--Fileoperations collate shuffle andgroupalignme...
After runningsamtools collate -@ 1 -O -u mapped.bam 2> map.log | samtools fixmate -Mrcm - out.bam, only the first of these is retained (sequences match), and the SAM flag is now invalid (72: mate unmapped, first in pair, but paired bit not set): A01174:196:HGKFNDSX2:4:16...
Linux的管道命令 管道命令(Pipe) 管道命令用"|"来表示,管道命令需要接收前一个命令的输出来进行操作,但...
产生的未比对文件如fastq文件可以存储未比对数据至BAM中,这种方法其实最佳,因为其记录了原始数据和辅助标签信息。但是这个教程是产生sorted并且aligned的BAM数据。 1.1 alignment/mapping to a known reference 步骤一般为: Map / align Fix mate-pair issues ...
samtools sort -n -o namesort.bam example.bam 必须是-n,不能省略 Add ms and MC tags for markdup to use later samtools fixmate -m namesort.bam fixmate.bam -m不能少 Markdup needs position order samtools sort -o positionsort.bam fixmate.bam Finally mark duplicates samtools markdup...
产生的未比对文件如fastq文件可以存储未比对数据至BAM中,这种方法其实最佳,因为其记录了原始数据和辅助标签信息。但是这个教程是产生sorted并且aligned的BAM数据。 1.1 alignment/mapping to a known reference 步骤一般为: Map / align Fix mate-pair issues ...