输入文件可以是以BGZF格式的压缩文件。 fixmate samtools fixmate [-rpc] [-Oformat]in.nameSrt.bam out.bam 从一个按照名字排序后的比对文件中,添加mate的坐标, ISIZE ,和mate相关的flag。 OPTIONS: -r 删除次要的和没有比对上的reads。 -p 不使用 FR 匹配检查。 -c 添加模板 cigar ct 标签。 -OFORMA...
9)samtools fixmate <in.nameSrt.bam> <out.bam>,为以名称排序的定位alignment填入配对坐标,ISIZE(inferred insert size猜测的插入序列大小)和配对相应的标签(flag) 10)samtools rmdup <out.bam>,移除潜在的PCR重复:如果多个读段含有相同的外部位点(external coordinates),只保留那些高mapping质量的碱基对。这一命...
samtools fixmate -O bam <lane.sam> <lane_fixmate.bam> 从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o <lane_sorted.bam> -T </tmp/lane_temp> <lane_fixmate.sam> (2)improvement 为了减少数据中插入带来的错误,重新align包含gap的alignment是有帮助的: java -Xmx2g -jar Gen...
After runningsamtools collate -@ 1 -O -u mapped.bam 2> map.log | samtools fixmate -Mrcm - out.bam, only the first of these is retained (sequences match), and the SAM flag is now invalid (72: mate unmapped, first in pair, but paired bit not set): A01174:196:HGKFNDSX2:4:16...
[options] Commands: -- Indexing dict create a sequence dictionary file faidx index/extract FASTA index index alignment -- Editing calmd recalculate MD/NM tags and '=' bases fixmate fix mate information reheader replace BAM header targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) addreplace...
samtools fixmate -O bam <lane.sam> <lane_fixmate.bam> 从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o<lane_sorted.bam>-T </tmp/lane_temp><lane_fixmate.sam> (2)improvement 为了减少数据中插入带来的错误,重新align包含gap的alignment是有帮助的: ...
9)samtools fixmate ,为以名称排序的定位alignment填入配对坐标,ISIZE (inferred insert size猜测的插入序列大小)和配对相应的标签(flag) 10)samtools rmdup ,移除潜在的PCR重复:如果多个读段含有相同的外部位点(external coordinates),只保留那些高mapping质量的碱基对。这一命令只适用于FR开始的并且要求正确设置ISIZE。
-m, --fix-mate-overlaps: 检测配对读取的重叠部分,并在每个碱基的基础上处理它们;这有助于更准确地计算覆盖度 base 模式特定选项 -L, --regions=FILENAME|REGION (可选)指定感兴趣区域的列表或单个区域的形式(例如 chr:beg-end)。通常用于分析特定基因或区域的覆盖深度。
第1列:read的名称(read表示本条read,mate表示pair中的另一条read)。 第2列:flag数字之和。(见下文) 第3列:比对到参考序列上的染色体号。若无法比对则是*。 第4列:read比对到参考序列上第一个碱基所在的位置。若无法比对则是0。 第5列:比对的质量分数,比对错误率的-10log10值,越高说明该read比对到参考基...
-m, --fix-mate-overlaps: 检测配对读取的重叠部分,并在每个碱基的基础上处理它们;这有助于更准确地计算覆盖度 base 模式特定选项 -L, --regions=FILENAME|REGION (可选)指定感兴趣区域的列表或单个区域的形式(例如 chr:beg-end)。通常用于分析特定基因或区域的覆盖深度。