第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外, 其他代表序列的行的长度, 包括换行符, 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2; 提取序列: samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa samtools faidx input.fa chr...
samtools faidx Tifrunner2.fasta arahy.Tifrunner.gnm2.Arahy.15:156933000-156941233 > GH15.fa 111915330-111922846 samtools faidx Tifrunner2.fasta arahy.Tifrunner.gnm2.Arahy.05:111915330-111922846 > GH05.fa samtools faidx shitouqi.fastaChrA05:113,240,217-113,246,982 > LAC05.fa ...
第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外, 其他代表序列的行的长度, 包括换行符, 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2; 提取序列: samtools faidxinput.fachr1 > chr1.fasamtools faidxinput.fachr1:100-200> chr1.fa AI代码助手复制代码...
第四列:除了最后一行外,序列中每行的碱基数 第五列:除了最后一行外,序列中每行的长度(包括换行符) 从中呢,我们可以有目的的提取序列: 提取水稻第一染色体: samtools faidx sequence.fa Chr1 > Chr1.fa 提取水稻第一染色体100-200bp的序列: samtools faidx sequence.fa Chr1:100-200 > Chr1_100_200.fa 6...
创建索引、提取序列 $samtools faidx Usage: samtools faidx <file.fa|file.fa.gz> [<reg> [...]] Option: -o, --output FILE Write FASTA to file. -n, --length INT Length of FASTA sequence line. [60] -c, --continue Continue after trying to retrieve missing region. ...
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, ...
第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基 根据序列名提取序列 这里好像只能提取单条序列 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa 1. 还可以加上指定的位置 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018:1-10
第一列:序列的名称 第二列:序列长度 第三列:第一个碱基的偏移量,从0开始计数 第四列:除了最后一行外,序列中每行的碱基数 第五列:除了最后一行外,序列中每行的长度(包括换行符) 从中呢,我们可以有目的的提取序列: 提取水稻第一染色体: samtools faidx sequence.fa Chr1 > Chr1.fa ...
samtools提取序列 samtools faidx 能够对fasta序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fasta文件,能够快速的提取任意区域的序列。用法: samtoolsfaidxArabidopsis_thaliana.TAIR10.31.dna.toplevel.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外,其他行的长度必须相同。
faidx 创建索引、提取序列，创建索引文件如hg19.fa.fai，可使用此索引文件提取特定序列。fqidxindex 各种工具都需要BAM索引文件，如IGV，用于可视化BAM文件，生成.bai文件以进行BAM文件索引。编辑calmd 将SEQ的序列品牌改为=，进行序列编辑。fixmate 去除PCR重复时，使用fixmate添加mate score标签，需注意bam...