第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为bp; 第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外, 其他代表序列的行的长度, 包括换行符, 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2; 提取序列: samtools faidx input.fa chr1 > chr1.fa samtools faidx input.fa chr...
samtools 提取基因组特定位置序列 陈光辉_山东花生关注IP属地: 山东 2023.06.21 15:57:48字数0阅读517samtools faidx Tifrunner2.fasta arahy.Tifrunner.gnm2.Arahy.15:156933000-156941233 > GH15.fa 111915330-111922846 samtools faidx Tifrunner2.fasta arahy.Tifrunner.gnm2.Arahy.05:111915330-111922846 > GH...
第五列 LINEWIDTH : 行宽, 除了最后一行外, 其他代表序列的行的长度, 包括换行符, 在windows系统中换行符为\r\n, 要在序列长度的基础上加2; 提取序列: samtools faidxinput.fachr1 > chr1.fasamtools faidxinput.fachr1:100-200> chr1.fa AI代码助手复制代码...
samtools faidx是一个用于处理FASTA格式文件的工具,它可以用来提取FASTA文件中的特定序列或者序列片段。在反向BLAST匹配中,我们可以使用samtools faidx来提取目标序列的反向互补序列,以便进行BLAST比对。 samtools faidx的使用方法如下: 代码语言:txt 复制 samtools faidx <fasta_file> <region> 其中,<fasta_file>是待处理...
samtools faidx ref.fna samtools index A1.sorted.bam 案例四:提取序列 samtools faidx /ifs1/Database/GATK/b37/human_g1k_v37.fasta 1 2 >ch1_2.fa 案例五:merge samtools merge merge.bam A1.sorted.bam /ifs1/Sequencing/B1.sorted.bam
从中呢,我们可以有目的的提取序列: 提取水稻第一染色体: samtools faidx sequence.fa Chr1 > Chr1.fa 提取水稻第一染色体100-200bp的序列: samtools faidx sequence.fa Chr1:100-200 > Chr1_100_200.fa 6、tview 作用:直观显示reads比对到基因组的情况,和基因组浏览器有点类似。
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, ...
第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基 根据序列名提取序列 这里好像只能提取单条序列 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa 1. 还可以加上指定的位置 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018:1-10
第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基 根据序列名提取序列 这里好像只能提取单条序列 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa 还可以加上指定的位置 samtools faidx input.fastaTCONS_00000018:1-10 >TCONS_00000018:1-10 ...
samtools提取序列 samtools faidx 能够对fasta序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fasta文件,能够快速的提取任意区域的序列。用法: samtoolsfaidxArabidopsis_thaliana.TAIR10.31.dna.toplevel.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外,其他行的长度必须相同。