1. 会生成一个input.fasta.fai的文件,文件的内容总共有5列 第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基 根据序列名提取序列 这里好像只能提取单条序列 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa 1. 还可以加上指定的位置 samtools faidx input.fasta TCONS_00000018:...
@SQ SN:chr5 LN:180915260 M5:0740173db9ffd264d728f32784845cd7 AN:5 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa faidx 创建索引、提取序列 $samtools faidx Usage: samtools faidx <file.fa|file.fa.gz> [<reg> [...]] Option: -o, --output FILE Write FASTA to file. -n, --length INT Len...
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATG...
第四列:除了最后一行外,序列中每行的碱基数 第五列:除了最后一行外,序列中每行的长度(包括换行符) 从中呢,我们可以有目的的提取序列: 提取水稻第一染色体: samtools faidx sequence.fa Chr1 > Chr1.fa 提取水稻第一染色体100-200bp的序列: samtools faidx sequence.fa Chr1:100-200 > Chr1_100_200.fa 6...
faidx 创建索引、提取序列，创建索引文件如hg19.fa.fai，可使用此索引文件提取特定序列。fqidxindex 各种工具都需要BAM索引文件，如IGV，用于可视化BAM文件，生成.bai文件以进行BAM文件索引。编辑calmd 将SEQ的序列品牌改为=，进行序列编辑。fixmate 去除PCR重复时，使用fixmate添加mate score标签，需注意bam...
samtools faidx <ref.fasta> [region1 [...]] 给参考序列建索引,或者从已建索引的参考序列中提取一定位置范围内的序列 9. depth samtools depth [options] [in1.sam|in1.bam|in1.cram [in2.sam|in2.bam|in2.cram] [...]] 计算bam/sam文件每个位点的测序深度 ...
5)samtools index <aln.bam> 对排序后的序列索引,用于快速的随机处理,此处将产生<aln.bam>.bai文件。 6)samtools faidx <ref.fasta> [region1 [...],对FASTA格式的参考基因组序列建立索引或者提取已经索引的序列中的子序列(subsequence)。如果没有指定区域,它将会索引文件,并在磁盘上建立<ref.fasta>.fai,子...
1. 从bam中提取mapped/unmapped 的序列信息 从比对结果文件${sample}_aln.bam中提取匹配上的序列信息,并保存到${sample}_mapped.bam文件 ${samtools} view -bF 4 ${sample}_aln.bam > ${sample}_mapped.bam 从比对结果文件${sample}_aln.bam中提取没有匹配上的序列信息,并保存到${sample}_unmapped.bam文...
该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并显示fasta格式的子序列。输入文件可以使BGZF压缩格式的文件。输入文件中的序列要有不同的名称。如果不是这样,即存在相同名称的序列,在建立索引的过程中将...
在获取染色体的长度信息的时候samtools faidx一直运行不出来,是为什么? samtools Chenjiamin2021-04-07 17:26:01 2回答 2329浏览 老师您好!我在用samtools获取染色体长度时报错,可能原因时Contig1中的序列长度不一致,这种具体该怎么处理呀?我看了它的序列是图上这种样子的 ...