samtools faidx是一个用于处理FASTA格式文件的工具,它可以用来提取FASTA文件中的特定序列或者序列片段。在反向BLAST匹配中,我们可以使用samtools faidx来提取目标序列的反向互补序列,以便进行BLAST比对。 samtools faidx的使用方法如下: 代码语言:txt 复制 samtools faidx <fasta_file> <region> 其中,<fasta_file>是待处理...
代码语言:javascript 复制 #对参考基因组建立索引 samtools faidx~/database/Homo_sapiens_assembly38.fasta-o./Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai #由于有索引文件,可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列 samtools faidx~/database/Homo_sapiens_assembly38.fasta chr1-o./hg38_chr1.fasta tview...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP和短indel变异进行检测/过滤/统计总结等。 1. 查看(viewing) view 要对来自BWA或其他比对工具产生的SAM输出文...
stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除 m...
Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称; 第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大, ...
samtools中faidx索引格式 2020-01-14 11:28 −... 发那个太丢人 0 619 Samtools 2019-10-10 12:04 −samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。 faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome...
5、faidx 功能:对fasta格式的文件建立索引,后缀名.fai。根据索引文件和序列文件,可以快速提取任意区域的序列文件。 fasta序列格式要求:每条序列,除了最后一行外,其他行的长度必须相同! 为了方便,我们在NCBI上下载水稻NIP基因组的序列,进行演示: 地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=rice ...
faidx 创建索引、提取序列，创建索引文件如hg19.fa.fai，可使用此索引文件提取特定序列。fqidxindex 各种工具都需要BAM索引文件，如IGV，用于可视化BAM文件，生成.bai文件以进行BAM文件索引。编辑calmd 将SEQ的序列品牌改为=，进行序列编辑。fixmate 去除PCR重复时，使用fixmate添加mate score标签，需注意bam...
faidx对 fasta 文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 tview查看 reads 比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能。 markdup标记重复序列,但并没有将其去除。 samtools 安装方式 下载地址:http://www.htslib.org/download/ 方式一:编译后安装
Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称; 第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大, ...