#samtools faidx input.fa 1 2 3 > chr1+2+3.fa # samtools faidx input.fa chr1 chr2 chr3 > chr1+2+3.fa 提取all: samtools faidx GRCh37.p13.genome.fa chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr2...
samtools中faidx索引格式 1、faidx格式 1 2 3 4 5 第一列 NAME: 序列的名称,只保留“>”后,第一个空白之前的内容; 第二列 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET: 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为...
samtools faidx 命令处理fasta序列 samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATG...
fasta是一种常用的序列存储格式,GATK、IGV等软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立fasta的索引文件。fa文件的索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5.genome.fa head(GRCm38.p5.genome.fa.fai) 输出为GRCm38.p5.genome.fa.fa...
原文地址 PacBio reads:Assembly with command line tools Circlator安装看了看Circlator官网的安装教程,稍显麻烦,就不花时间在安装软件上了,直接使用...(这句话的意思还没有太理解) samtools提取没有比对到参考基因组的reads samtools i...
Long term plan of wold domination converging modules in between sarek and rnaseq. Get rid of custom/getchromsizes and put it in samtools/faidx with a boolean. PR checklist Closes #XXX This comm...
长度不一致你想办法把他弄一致就可以了；
Is your feature request related to a problem? Please specify. For the sake of convenience, it would be nice if the fasta output from samtools faidx could be bgzip'ed. Describe the solution you would like. A command line argument that wou...
g in pure python]]>Matthew, Shirley
可能你的fasta文件不是标准的格式，你看看Chr2序列折叠之后长度是否一致；