fasta文件的索引为fai文件,用于浏览基因组时进行索引 构建方法是用samtools # conda install -c bioconda samtools samtools faidx YourGenome.fa # 只能是fa文件,不能是gz压缩过的 但是Linux x86_64环境下会报错,如下 (genomics) yuntaozhu@ZYT-WIN11:/mnt/e/LsargGenome$ samtools faidx LsargGenome.fa.gz sam...
fasta是一种常用的序列存储格式,GATK、IGV等软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立fasta的索引文件。fa文件的索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: #samtools faidx input_ref.fa samtools faidx GRCm38.p5.genome.fa head(GRCm38.p5.genome.fa.fai) 输出为GRCm38.p5.genome.fa.fa...
samtools中faidx索引格式 1、faidx格式 1 2 3 4 5 第一列 NAME: 序列的名称,只保留“>”后,第一个空白之前的内容; 第二列 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET: 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为...
这里samtools的作者使用的mapping工具为bwa bwa index <ref.fa> #构建索引 bwa mem -R '@RG\tID:foo\tSM:bar\tLB:library1' <ref.fa> <read1.fa> <read1.fa> > lane.sam#比对生成sam文件 由于BWA和其它的比对工具在生成sam文件时会记录一些不正常的alignment,因此首先对数据进行清洗与整理: samtools fix...
利用samtools对参考基因组构建索引fai文件 1、 root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa root@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2#samtools faidx Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.faroot@DESKTOP-1N42TVH:/home/test/test2# ls...
8.给fa文件建立索引faidx: faidx samtools faidx <ref.fasta> [region1 [...]] Index reference sequence in the FASTA format or extract subsequence from indexed reference sequence. If no region is specified, faidx will index the file and create <ref.fasta>.fai on the disk. If regions are spec...
fasta是一种常用的序列存储格式,GATK、IGV等软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立fasta的索引文件。fa文件的索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下:
faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除
faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除
faidx对 fasta 文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 tview查看 reads 比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能。 markdup标记重复序列,但并没有将其去除。 samtools 安装方式 下载地址:http://www.htslib.org/download/ 方式一:编译后安装