-b 创建bai索引文件,未指定输出格式时,此参数为默认参数 5.Faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并显示fasta格式的子序列。输入文件...
首先,在官网下载最新版的安装包,以下是官网地址,如果你无法访问Github,可以在下面提供第一条链接进行下载(速度更快)。 https://cloud.filll.cn/samtools-1.19.2.tar.bz2 https://github.com/samtools/samtools/releases/ image-20240125153135782 下载完成后,解压并进入samtools文件夹 tar -jxvf samtools-1.19.2.tar...
faidx对 fasta 文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 tview查看 reads 比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能。 markdup标记重复序列,但并没有将其去除。 samtools 安装方式 下载地址:http://www.htslib.org/download/ 方式一:编译后安装
5)samtools index <aln.bam> 对排序后的序列索引,用于快速的随机处理,此处将产生<aln.bam>.bai文件。 6)samtools faidx <ref.fasta> [region1 [...],对FASTA格式的参考基因组序列建立索引或者提取已经索引的序列中的子序列(subsequence)。如果没有指定区域,它将会索引文件,并在磁盘上建立<ref.fasta>.fai,子...
1.下载: (1)直接conda安装 conda install -c bioconda samtools #然后自己加入环境变量 #输入samtools检查一下是否安装成功 2.使用 samtools Program:samtools(ToolsforalignmentsintheSAMformat)Version:1.11(usinghtslib1.11)Usage:samtools[options]Commands:--Indexingdict create a sequence dictionary file faidx index...
$ samtools faidx ref.fasta (2)sort: sort alignment file 本命令对bam文件中的序列进行排序,默认下是按序列在fasta文件中的顺序(即header)和序列从左往右的位点排序。 $ samtools sort [-T out.prefix][-@ threads][-m maxMem][-o out.sorted.bam][in.bam] ...
2.2.2)samtools faidx longreads.fa r1 >r1.fas #建立索引后就可以提取指定的序列,这里提r1 2.2.3)samtools fqidx longreads.fq #对fastq建立索引 2.2.4)samtools index RNA-seq.bam #对比对文件建立索引 2.3)格式转换 -- File operations collate shuffle and group alignments by name ...
R 2.3.1及以上(自带) 6. samtools 0.1.5到0.1.19(不支持新版本samtools) 7. BWA 0.6.2...NCBI blast 2.2.24及以上(自行安装) 9...faidx 对基因组文件建立的index samtools faidx hg19ref_order.fa 4.UCSC下载的参考基因注释文件,knowGene.txt 用sort refGene.txt...reads,默认1000 -l INT 提取配对...
samtools faidx输出的fai文件格式解析 | fasta转bed | fasta to bed 2018-03-25 16:12 −... Life·Intelligence 0 4029 Samtools 2019-10-10 12:04 −samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。 faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 对基因组文件建立索引 ...
samtools中faidx索引格式 1、faidx格式 1 2 3 4 5 第一列 NAME: 序列的名称,只保留“>”后,第一个空白之前的内容; 第二列 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET: 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位...