samtools中faidx索引格式 1、faidx格式 1 2 3 4 5 第一列 NAME: 序列的名称,只保留“>”后,第一个空白之前的内容; 第二列 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET: 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为...
5.Faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并显示fasta格式的子序列。输入文件可以使BGZF压缩格式的文件。输入文件中的序列要有不同的名...
dict create a sequence dictionary file faidx index/extract FASTA fqidx index/extractFASTQindex index alignment dict 从fasta文件创建一个序列字典文件 $samtoolsdict --help About: Create a sequence dictionary file from a fasta file Usage: samtools dict [options] <file.fa|file.fa.gz> Opti...
构建方法是用samtools # conda install -c bioconda samtools samtools faidx YourGenome.fa # 只能是fa文件,不能是gz压缩过的 但是Linux x86_64环境下会报错,如下 (genomics) yuntaozhu@ZYT-WIN11:/mnt/e/LsargGenome$ samtools faidx LsargGenome.fa.gz samtools: error while loading shared libraries: libncu...
$ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参...
samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, ...
$ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称; 第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大, 最后的数字是genome.fasta文件的大小;第4和5列不知是啥意思。于是通过此文件,可以定 ...
samtools faidxinput.fa AI代码助手复制代码 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >oneATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT>two another chromosomeATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGC ...
faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除
faidx index/extract FASTA index index alignment -- Editing calmd recalculate MD/NM tags and '=' bases fixmate fix mate information reheader replace BAM header rmdup remove PCR duplicates targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) ...