$ samtools index abc.sort.bam abc.sort.bam.bai 5. faidx 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai...
samtools中faidx索引格式 1、faidx格式 1 2 3 4 5 第一列 NAME: 序列的名称,只保留“>”后,第一个空白之前的内容; 第二列 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp; 第三列 OFFSET: 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行; 第四列 LINEBASES : 除了最后一行外, 其他代表序列的行的碱基数, 单位为...
$ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以leftmost coordinates的方式对比对结果进行排序,或者使用-n参...
6)samtools faidx <ref.fasta> [region1 [...],对FASTA格式的参考基因组序列建立索引或者提取已经索引的序列中的子序列(subsequence)。如果没有指定区域,它将会索引文件,并在磁盘上建立<ref.fasta>.fai,子序列将会被检索并且以FASTA格式打印在标准输出。输入文件可以压缩成RAZF格式。 7)samtools pileup [‐f i...
samtools faidx ref.fasta 通常用于为参考基因组建立索引,以上命令可以建立一个以.fai后缀结尾索引文件,非常好用。 对BAM文件进行排序 samtools sort [-T out.prefix][-@ threads][-m maxMem][-o out.sorted.bam][in.bam] sort命令也很强大,可以对bam文件中的序列进行排序,默认下是按序列在fasta文件中的顺序...
Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]]对基因组文件建立索引$ samtools faidx genome.fasta生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称;第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大,最后的数字是genome.fasta文件的大小;第...
faidx index/extract FASTA index index alignment -- Editing calmd recalculate MD/NM tags and '=' bases fixmate fix mate information reheader replace BAM header rmdup remove PCR duplicates targetcut cut fosmid regions (for fosmid pool only) ...
samtools faidx ref.fa samtools view -bt ref.fa.fai aln.sam > aln.bam 若SAM中已包含@SQ,则: samtools view -b aln.sam > aln.bam 参考: https://academic.oup.com/gigascience/article/10/2/giab008/6137722?login=true https://www.htslib.org/workflow...
Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引$ samtools faidx genome.fasta#生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称;第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大,最后的数字是genome.fasta文件的大小...
Usage: samtools faidx <in.bam> [ [...]] 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx genome.fasta 生成了索引文件genome.fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。第一列是子序列的名称; 第二列是子序列的长度;个人认为“第三列是序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大, 最后的数字是genome.fasta文件的...