正则式-[0-9]+[ACGTNacgtn]+代表在该位点后缺失的碱基 10.Fastq 将bam文件转为fastq格式 基本用法: samtools fastq test.bam > test.fastq 以上就是关于Samtools的介绍啦,更详细的用法及说明请参考官方文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml...
--rna-strandness:默认unstranded,如果是链特异性文库要加上--rna-strandness RF。 -f:表示输入文件格式为fasta(默认),-q表示输入文件格式为fastq。可以是gzip压缩的文件。 -phred33:输入的FASTQ文件碱基质量值编码标准为phred33(默认)。 -k <int>:report up to <int> alignments per read; MAPQ not meaningfu...
当利用FASTQ文件与参考基因组进行比对时,reads比对结果的顺序相对于它们在参考基因组中的位置而言是随机的,也就是说BAM文件按照序列在输入的FASTQ文件中出现的顺序排列。如果要进一步操作(如变异检测、IGV查看比对结果等),都需要对BAM文件进行排序,以使比对结果陈列是按“基因组顺序”进行,即根据它们在每个染色体上的位...
提取比对上的reads到fastq用 REF: https://www.plob.org/article/7112.html http://www.chenlianfu.com/?p=1399 http://en.wikipedia.org/wiki/SAMtools http://www.htslib.org/doc/samtools-1.1.html http://sourceforge.net/projects/samtools/files/ http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml...
11、fastq 作用:bam文件转换为fastq 用法: samtools fastq test.bam 12、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 13、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: ...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
数据格式fasta,fastq,sam,vcf,pileup 如果是bwa把参考基因组索引化,然后aln得到后缀树,然后sampe对双端数据进行比对 首先bwa index 然后选择算法,进行索引。 然后aln脚本批量处理 ==> bwa_aln.sh <== while read id do echo $id bwa aln hg19.fa $id >$id.sai ...
samtools bam2fq input.bam > output.fastq DESCRIPTION - 描述 Samtools是一个用来处理BAM格式(SAM的二进制格式,译者注)的比对文件的工具箱。它能够输入和输出SAM(序列比对/图谱)格式的文件,对其进行排序、合并、建立索引等处理,还可以快速获取任意区域的reads。
原文地址 PacBio reads:Assembly with command line tools Circlator安装 看了看Circlator官网的安装教程,稍显麻烦,就不花时间在安装软件上了,直接使用...(这句话的意思还没有太理解) samtools提取没有比对到参考基因组的reads samtools index aln.bam samtools fastq -f 4 -l unmapped.R1.fastq...根据fasta序列...