可以使用samtools fastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。 使用帮助 samtools fastq Usage:samtools fastq[options...]<in.bam>Options:-0FILEwrite reads designatedREAD_OTHERtoFILE-1FILEwrite reads designatedREAD1toFILE-2FILEwrite reads designatedREAD2toFILEnote:ifa singleton fileisspecified with-s,only pai...
使用一:从 bam 文件中提取特定细胞的 fastq,并分成 read 1 和 read 2 两个序列文件输出 samtools fastq --barcode-tag barcode.txt -1 read_1.fastq -2 read_2.fastq input.bam
samtools view test.bam chr1>test.chr1.sam # 线粒体 samtools view test.bam chrM>test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view test.bam chr1:30000-100000>test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、bam文件、fastq文件之间转换 ## bam文件转fastq文件 samtools fastq-N-1...
--gzi-idx FILE name of compressed file index (default file.fa.gz.gzi). -f, --fastq File and index in FASTQ format. -h, --help This message. 创建索引,hg19.fa.fai NAME : 序列名 LENGTH: 序列的长度, 单位为bp OFFSET : 第一个碱基的偏移量, 从0开始计数,换行符也统计进行 LINEBASES :...
案例四:提取序列 samtools faidx /ifs1/Database/GATK/b37/human_g1k_v37.fasta 1 2 >ch1_2.fa 案例五:merge samtools merge merge.bam A1.sorted.bam /ifs1/Sequencing/B1.sorted.bam 案例六:输出比对fq或fa samtools fastq A1.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz -c 6 ...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。
2.2.2)samtools faidx longreads.fa r1 >r1.fas #建立索引后就可以提取指定的序列,这里提r1 2.2.3)samtools fqidx longreads.fq #对fastq建立索引 2.2.4)samtools index RNA-seq.bam #对比对文件建立索引 2.3)格式转换 -- File operations collate shuffle and group alignments by name ...
#提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bf 4 sample.bam > sample_unmapped.bam 四、bam文件转化为fastq文件 将输入的bam文件转化为fastq文件,并将结果保存至指定的输出-1-2-0-0-s中. samtools fastq [options] in.bam 其对序列的分类依据是序列末尾的READ1 flag和READ2 flag,flag有3类: ...
samtools fastq [options] in.bam 将输入的bam文件转化为fastq文件，并将结果保存至指定的输出 -1 -2 -o -0-s 中. 其对序列的分类依据是序列末尾的 READ1 flag 和 READ2 flag , flag有3类：对于PE测序reads, 同时指定 -1 R1.fq -2 R2.fq -s singleton.fq 时，samtools会将 ...
有时候,我们需要提取出比对到一段参考序列的reads,进行小范围的分析,以利于debug等。这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序: http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq 1:从bam中过滤掉没有比对上的信息,并将比对上的部分保存到sam中 2:从bam中...