samtools fastq [options] in.bam 将输入的bam文件转化为fastq文件，并将结果保存至指定的输出 -1 -2 -o -0-s 中. 其对序列的分类依据是序列末尾的 READ1 flag 和 READ2 flag , flag有3类：对于PE测序reads, 同时指定 -1 R1.fq -2 R2.fq -s singleton.fq 时，samtools会将 fla...
samtools cat -o out.bam smallNA06985 smallNA06994 12、split 作用:根据read group 分割bam文件 用法: samtools split test.sort.bam 13、quickcheck 作用:检查SAM/BAM/CRAM文件的完整性 用法: samtools quickcheck -v *.bam > bad_bams 14、fastq 作用:bam文件转换为fastq 用法: samtools fastq test.bam ...
1:从bam中过滤掉没有比对上的信息,并将比对上的部分保存到sam中 2:从bam中过滤没有比对上的信息,并保存到bam中:(要加-h,表示输出header) 注意:虽然有些没有比对上的结果 的flag值是141,77等,但是都可以用4过滤掉。 3:提取为fastq:主要参数为-f,-F,-G三个。 提取没有比对上的信息到fastq用: 提...
$samtools Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format) Version: 1.9 (using htslib 1.9) Usage: samtools [options] Commands: -- Indexing dict create a sequence dictionary file faidx index/extract FASTA fqidx index/extract FASTQ index index alignment -- Editing calmd recalculate MD...
# bam转fastq nohup bedtools -i small.bam -fq tmp1.fq -fq2 tmp2.fq & 4.使用samtools tview使用下面的命令查看chr1:160000-160100区域的比对情况 samtools tview -p chr1:160000-160100 SRR10744251.bam 5.使用less命令分别查看test.sam,test.bam文件,为什么bam文件会输出乱码?使用samtools view命令再试...
./samtools fastq -0 0.fq -1 1.fq -2 2.fq ~/ex/ex.bam [M::bam2fq_mainloop] discarded 0 singletons [M::bam2fq_mainloop] processed 11151194 reads ./samtools stats ~/ex/ex.bam | grep ^SN SN raw total sequences: 11151194 wc -l *.fq 0 0.fq 9373576 1.fq 9373576 2.fq ...
$ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fastq <in.bam> 10. mpileup samtools还有个非常重要的命令mpileup,以前为pileup。该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件,在samtools的安装文件夹中可以找到。
Samtools、BEDTools、FASTX-Toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 Outline Samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加BCFtools 操作vcf/bcf文件(SNP/indel calling)的工具 BEDTools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 FASTX-Toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 Samtools SAM文件格式...
双端测序一般为read1.fq / read1.fq.gz / read1.fq.bz2格式,前后两端同时出现,并同时作为hisat2输入。将测序得到的fastq文件经过hisat2比对到参考基因组得到SAM文件。SAM文件就是序列比对文件,有上下两个部分,分别包括头部注释部分和比对结果部分:
fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) -- Viewing flags explain BAM flags tview ...