当利用FASTQ文件与参考基因组进行比对时,reads比对结果的顺序相对于它们在参考基因组中的位置而言是随机的,也就是说BAM文件按照序列在输入的FASTQ文件中出现的顺序排列。如果要进一步操作(如变异检测、IGV查看比对结果等),都需要对BAM文件进行排序,以使比对结果陈列是按“基因组顺序”进行,即根据它们在每个染色体上的位...
-n:按照read名称进行排序 -o:排序后的输出文件 -T:PREFIX临时文件前缀 -@:设置排序和压缩的线程数,默认单线程 用法: samtools sort -l 9 -m 90M -n -o test.sort.bam -T sorted -@ 2 test.bam 上述含义是:压缩最高级9、每一个线程内存90Mb、输出文件名test.sort.bam、临时文件前缀sorted、线程数2。
fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA collate $samtools collate Usage: samtools collate [-Ou] [-o <name>] [-n nFiles] [-l cLevel] <in.bam> [<prefix>] Options: -O output to stdout -o output file name (use prefix if not set) -u uncompressed ...
$ samtools idxstats <aln.bam> 9. 将bam文件转换为fastq文件 有时候,我们需要提取出比对到一段参考序列的reads,进行小范围的分析,以利于debug等。这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq $ wget http://w...
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序: http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq 1:从bam中过滤掉没有比对上的信息,并将比对上的部分保存到sam中 2:从bam中过滤没有比对上的信息,并保存到bam中:(要加-h,表示输出header) 注意:虽然有些...
$ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fastq <in.bam> 11. mpileup samtools还有个非常重要的命令mpileup,以前为pileup。该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件,在samtools的安装文件夹中可以找到。 最常用的参数有2: -...
-n （默认使用-n）该参数要求比对时碱基错配数不超过N，这里N的取值范围是0-3，并且这个错配数是指种子序列上允许的碱基错配数。在全部错配位置的phred 质量值的和可能会超过参数e。对于没有质量值的fasta文件，质量值默认是40.-v 比对不允许超过V个错配，V的取值范围是0-3.此时忽略质量值。Strara 在-n...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
# bam转fastq nohup bedtools -i small.bam -fq tmp1.fq -fq2 tmp2.fq & 4.使用samtools tview使用下面的命令查看chr1:160000-160100区域的比对情况 samtools tview -p chr1:160000-160100 SRR10744251.bam 5.使用less命令分别查看test.sam,test.bam文件,为什么bam文件会输出乱码?使用samtools view命令再试...
Section 1.3.1部分对常用的排序方式进行了介绍。 总结 今天遇到的问题其实并没有解决。总的来说,为了和GATK兼容,不应使用samtools进行queryname排序,要么使用sambamba,要么使用GATK SortSam(GATK自己肯定和自己兼容)。 最后,一个建议的对fastq处理的流程如下。