samtools fastq A1.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz -c 6 案例七:tview samtools tview A1.sorted.bam samtools tview A1.sorted.bam ref.fna 案例八:depth samtools depth A1.sorted.bam >A1.depth 案例九:flagstat samtools flagstat A1.sorted.bam 案例十: samtools idxstats A1.sorted...
samtools fastq [options] in.bam 将输入的bam文件转化为fastq文件,并将结果保存至指定的输出-1 -2 -o -0-s中. 其对序列的分类依据是序列末尾的READ1 flag和READ2 flag, flag有3类: 1 : Only READ1 is set. 2 : Only READ2 is set. 0 : Either both READ1 and READ2 are set; or neither is...
samtools sort -@ 3 -o t.sort.bam t.aligned.bam 先看一个FASTQ文件的前几行信息: head SRR2584863_1.fastq @SRR2584863.3 HWI-ST957:244:H73TDADXX:1:1101:9337:2248/1 ATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCGATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGCGCCTGCATCATCGCG...
可见samtools depth参数输出测序深度的结果最小的测序深度为1. 004、samtools depth -a参数输出的结果为fastq比对到参考基因组的染色体上的所有位点的测序深度,即在depth参数输出结果的基础上,也输出测序深度为0的位点。可用如下脚本进行验证: a、如果输出fastq数据比对到参考基因组的染色体上所有位点的测序深度, 那么dep...
-f:表示输入文件格式为fasta(默认),-q表示输入文件格式为fastq。可以是gzip压缩的文件。 -phred33:输入的FASTQ文件碱基质量值编码标准为phred33(默认)。 -k <int>:report up to <int> alignments per read; MAPQ not meaningful. (2) 举个例子
3:提取为fastq:主要参数为-f,-F,-G三个。 提取没有比对上的信息到fastq用: 提取比对上的reads到fastq用 REF: https://www.plob.org/article/7112.html http://www.chenlianfu.com/?p=1399 http://en.wikipedia.org/wiki/SAMtools http://www.htslib.org/doc/samtools-1.1.html http://source...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。
常用的参数包括: --p:指定并行线程的个数,加快比对速度。 - --dta:用于表征转录组装的参数。如果要进行转录组装的话,需要添加此参数。 --q:输入的数据文件是FASTQ格式。 - -k:为每个read返回多少条比对结果,默认为5条。 处理比对结果: HISAT2的输出结果是SAM格式文件,可以使用samtools对结果进行进一步处理和...
## 原始文件大小2.5G12月1211:04d0_1.fastq.gz2.7G12月1211:05d0_2.fastq.gz ## 产生的sam文件大小 27G12月1212:00d0.sam ## 产生的bam文件大小3.1G12月1215:37d0.bam ## 以示例来说存储空间相差了9倍 6其余子命令参数及用法 sort 代码语言:javascript ...