Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
由于BWA和其它的比对工具在生成sam文件时会记录一些不正常的alignment,因此首先对数据进行清洗与整理: samtools fixmate -O bam <lane.sam> <lane_fixmate.bam> 从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o <lane_sorted.bam> -T </tmp/lane_temp> <lane_fixmate.sam> (2)improv...
samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file: bam2fastq -o blah_unaligned.fastq --no-aligned blah.bam...
samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view test.bam chr1:30000-100000 > test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、bam文件、fastq文件之间转换 ## bam文件转fastq文件 samtools fastq -N -1 sample_P1.fq -2 sample_P2.fq sample.bam ...
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数...
${sample}_aln.sam > ${sample}_aln.bam 三、samtools fastq samtools fastq [options] in.bam 将输入的bam文件转化为fastq文件,并将结果保存至指定的输出-1 -2 -o -0-s中. 其对序列的分类依据是序列末尾的READ1 flag和READ2 flag, flag有3类: ...
samtools fixmatein.namesorted.samout.bam samtools mpileup-C50-fref.fasta-r chr3:1,000-2,000in1.bam in2.bam samtools coverage aln.sorted.bam samtools flags PAIRED,UNMAP,MUNMAPsamtools fastq input.bam>output.fastq samtools fasta input.bam>output.fasta ...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
1:从bam中过滤掉没有比对上的信息,并将比对上的部分保存到sam中 2:从bam中过滤没有比对上的信息,并保存到bam中:(要加-h,表示输出header) 注意:虽然有些没有比对上的结果 的flag值是141,77等,但是都可以用4过滤掉。 3:提取为fastq:主要参数为-f,-F,-G三个。 提取没有比对上的信息到fastq用: 提...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...