samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file: bam2fastq -o blah_unaligned.fastq --no-aligned blah.bam...
$samtools fixmate -m sample.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #对染色体名称进行排序 $samtools sort -t rname -o sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.matescore.bqsr.bam #去除pcr重复 $samtools markdup -r sample.matescore.sort.bqsr.bam sample.markdup.bqsr.bam # 比较一下去重前和去重后...
view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。 bam文件优点:bam文件为二进制文件,占用的磁盘空间比sam文本文件小;利用bam二进...
quickcheck quickly check if SAM/BAM/CRAM file appears intact fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA 示例 2.3.1)samtools sort -nRNA-seq.bam>RNA-seq_sorted_out.bam #将bam文件进行排序 2.3.2)samtools fastq RNA-seq.bam >RNA-seq.fq #将bam 文件转化为fastq 2.3....
mpileup：multi-way pileup 本命令用于对bam文件进行处理，生成mpileup, VCF或BCF文件，再使用bcftools或varscan2进行SNP和Indel变异位点的检测（耗时较长，且灵敏度并不高，不建议使用）。（8） fastq/a ：converts a BAM to a FASTQ/A 本命令将bam文件转换为fastq或fasta格式。Summary | 总结 ...
1、fastq to BAM/CRAN 测序 产生的未比对文件如fastq文件可以存储未比对数据至BAM中,这种方法其实最佳,因为其记录了原始数据和辅助标签信息。但是这个教程是产生sorted并且aligned的BAM数据。 1.1 alignment/mapping to a known reference 步骤一般为: Map / align ...
quickcheck quickly check if SAM/BAM/CRAM file appears intact fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats ...
(8) fastq/a :converts a BAM to a FASTQ/A 本命令将bam文件转换为fastq或fasta格式。 $ samtools fastq [options...] <in.bam>4.Summary | 总结 上图为samtools中的所有功能,其中以红框标注的为本文所说明的命令&功能编辑于 2019-11-03 17:48 ...
1、fastq to BAM/CRAN 测序 产生的未比对文件如fastq文件可以存储未比对数据至BAM中,这种方法其实最佳,因为其记录了原始数据和辅助标签信息。但是这个教程是产生sorted并且aligned的BAM数据。 1.1 alignment/mapping to a known reference 步骤一般为: Map / align ...
depadconvertpadded BAMtounpadded BAM 从上面我们可以看到,大致我5类命令块:Indexing,Editing,File operations,Statistics,Viewing,下面我们来看看几个常用的命令 1.view view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam...