bedtools可以将bam文件转成bed或者fastq文件,它们需要使用不同的命令,咱们先来学习bamtobed命令。 Bedtools bamtobed命令用于将序列比对文件bam格式转化为BED、BED12、BEDPE格式。 示例: Bedtools bamtobed [OPTIONS] -I <BAM> $ bedtools bamtobed -I reads.bam | head -3 chr7 118970079 118970129 TUPAC_...
bedtools bamtofastq 命令用于从比对的bam文件中提取fastq文件 示例: bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i<BAM>-fq<FASTQ> 参数: 4.4 bed12tobed6 bedtools bed12tobed6命令用于将BED12格式按照基因的外显子区块分隔成BED6格式 示例: bedtools bed12tobed6[OPTIONS]-i<BED12>headdata/knownGene.hg18.chr21....
Bedtools bamtofastq命令用于从比对的BAM文件中提取fastq文件: $bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test.fastq -fq2,可以将成对的fastq文件分别输出到两个文件中,但输入的BAM文件需要先对reads按名字进行排序,默认-fq输出fastq文件。
-ubam,输出未压缩的BAM文件,默认输出的是压缩后的BAM文件。 Bedtools bamtofastq命令用于从比对的BAM文件中提取fastq文件: $bedtoolsbamtofastq -i test.bam -fq test.fastq AI代码助手复制代码 -fq2,可以将成对的fastq文件分别输出到两个文件中,但输入的BAM文件需要先对reads按名字进行排序,默认-fq输出fastq文件。
bedtobam Convert intervals to BAM records. bamtofastq Convert BAM records to FASTQ records. bedpetobam Convert BEDPE intervals to BAM records. bed12tobed6 Breaks BED12 intervals into discrete BED6 intervals. [ Fasta manipulation ] getfasta Use intervals to extract sequences from a FASTA file...
bedtools可以做以下几种格式转换:bamtobed、bedtobam、bamtofastq、bedpetobam、bed12tobed6,这里就以bamtobed为例给大家演示以下吧。 $ bedtools bamtobed -i test.bam chr1 0 30 paired-1 40 + chr1 0 30 paired-1 100 + chr1 0 30unpaired100 + ...
$ bedtools bamtofastq -i NA18152.bam -fq NA18152.fq 2.4 12列bed转6列的bed =》 bed12tobed6 BED6表示文件包含bed格式中的前六列,是最为常见的格式; BED12表示文件包含bed格式中的所有12列,含有信息最为全面。 $ head data/knownGene.hg18.chr21.bed | tail -n 3 ...
bedtools可以做以下几种格式转换:bamtobed、bedtobam、bamtofastq、bedpetobam、bed12tobed6,这里就以bamtobed为例给大家演示以下吧。$bedtools bamtobed-i test.bam chr1030paired-140+chr1030paired-1100+chr1030unpaired100+chr1030paired-240+ 4. Bedtools之coverage:计算深度和广度。
将bam文件转换为fastq文件 bedtools bamtofastq -i ../CA_N_805_RNA_recal.bam -fq CA_N_805_RNA_recal_1.fq -fq2 CA_N_805_RNA_recal_2.fq 结果文件如下 @ST-E00192:663:HL5C3CCXY:4:2221:19055:55561/1 CTGAGGAAGGAGAAGGGGATGCACTGTTGGGGAGGCAGCTGTAACTCAAAGCCTTAGCCTCTGTTCCCACGAAGGCAGGGCC...
bedtobam Convert intervals to BAM records. bamtofastq Convert BAM records to FASTQ records. bedpetobam Convert BEDPE intervals to BAM records. bed12tobed6 Breaks BED12 intervals into discrete BED6 intervals. [ Fasta manipulation ] getfasta Use intervals to extract sequences from a FASTA file...