在尝试过程中,先使用了bedtools,bedtools工具中的bamtofastq命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件,可以对单端比对的生成的 bam 和双端比对生成的 bam 进行转换,详细使用方法和参数见bamtofastq 官方文档 双端: samtools sort -n -o aln.qsort.bam aln.bam bedtools bamtofastq -i aln.qsort.bam -fq aln.en...
hifi数据bam转fastq的坑 从bam文件转fastq,一般推荐以下两种方法: bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test1.fq #bam文件转化成fastq samtools bam2fq test.bam test2.fq #bam文件转化成fastq 但是发现bedtools转的fq比samtools转的fq整整多了两倍数量。 diff test1.fq test2.fq > c.fq 然后发现bedtoo...
1.FASTA 和 FASTQ FASTA格式中的序列以单行描述开始,然后是序列数据行。定义行(defline)与序列数据的区别是在序列最开始标有一个大于符号“>”。“>”符号后面的单词是序列的ID,其余的是关于序列的其他信息,信息之间一般由竖条“|”分割。 例子: >gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMIN-...
1、使用samtools ## 将BAM文件按照read name进行排序 samtools sort -n ${SAMPLE}.bam -@ 20 -o ${SAMPLE}_sorted.bam ## 将排序以后BAM转为fastq samtools fastq -@ 20 ${SAMPLE}_sorted.bam -1 ${SAMPLE}_R1.fastq.gz -2 ${SAMPLE}_R2.fastq.gz -0 /dev/null -s /dev/null -n rm ${SA...
samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file:
此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令 Converting BAM to fastq bam文件转为fastq - 生物信息文件夹
能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序，其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。
Use samtools -F 2 to discard only reads mapped in proper pair: 1 2 samtools view -b -F 2file.bam > file_unmapped.bam bamToFastq -bam file_unmapped.bam -fq1 unmappedpairedR1.fastq -fq2 unmappedpairedR2.fastq
然后我们就要动手处理数据了,稍微明白fastq格式和sam格式,都知道该怎么写了吧!脚本如下: samtools view P_jmzeng.Nsort.bam | head | perl -alne 'BEGIN{open FH1,">1.fq";open FH2,">2.fq"}{if($.%2==0){print FH1 "$F[0]\n$F[9]\n+\n$F[10]" }else{ print FH2 "$F[0]\n$F[9...
Convert to fastq reads (Samtools). QC of converted fastq reads (FastQC). Summarize QC and statistics before and after format conversion (MultiQC). Usage Note If you are new to Nextflow and nf-core, please refer to this page on how to set-up Nextflow. Make sure to test your setup with...