samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file: bam2fastq -o blah_unaligned.fastq --no-aligned blah.bam...
[samtools] sam格式与bam格式互换,提取未匹配reads,转为fastq 2017-02-21 16:12 −... 萧飞IDO 0 6582 Samtools 2019-10-10 12:04 −samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。 faidx: 对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 对基因组文件建立索引 $ samtools faidx ...