sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 在进行下一步的转录本组装时要用到cufflink...
# samtools view 使用说明:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-Hprint headeronly(no alignments)仅仅输出文件的头-Sinput isSAM默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好...
005、bam转sam [root@PC1 002_result]# ls SRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.bai [root@PC1 002_result]#samtools view-h SRR21814498.sorted.bam -o test.sam ## bam转换未sam [root@PC1 002_result]# ls SRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.bai test.sam [root@PC1 0...
samtools view -S test.sam -b > test.bam 将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam -b 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-S 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。-o 输出文件名 提取比对到参考序列上的比...
samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwame...
minimap2比对出来的结果为paf或者sam格式,paf用于序列拼接那里,sam是更为常用的格式,这里的sam格式与二代测序得到的sam类似,但又有一些不多,例如第六列比对结果的CIGAR字符串就比较乱,而二代测序比较工整。比对得到的不能直接使用,必须经过转换bam,排序,建立索引三大步骤。这次内容我们就来系统介绍一下如何处理sa格式...
samtools是一个处理SAM/BAM文件的工具包,可以进行格式转换、排序、索引、过滤、统计等操作。以下是samtools的常用用法: 1.格式转换 将SAM格式文件转换为BAM格式文件: samtools view -S -b input.sam > output.bam 将BAM格式文件转换为SAM格式文件: samtools view input.bam > output.sam ...
操作步骤：1. samtools包括samtools、BCFtools和HTSlib三个主要部分。2. 安装samtools。3. 转换sam文件。4. 提取比对到参考序列上的结果。5. 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果。6. 提取没有比对到参考序列上的比对结果。7. 从bam文件中提取比对到scaffold1上的比对结果，并保存...
1、将sam文件转化为bam文件 samtools view -bS in.sam > in.bam 是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam 2、查看bam文件的header信息 samtools view -H in.bam 3、取出bam文件的一部分 samtools view -b your.bam Chr1 > Chr1.bam ...
在转录组数据与参考基因组进行比对后,得到sam文件,后续分析需要将sam转换为bam,这里用到的工具是SAMtools。 序列比对 —— Hisat2 - 简书 (jianshu.com) SAMtools的主要功能是读取、写出、编辑、查看SAM/BAM/CRAM格式的数据文件。 SAMtools官方网站: http://www.htslib.org/ ...