samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、...
samtools view -q 30 test.bam |awk '{print $1,$5}'|head -3 筛选出比对成功,但是并不是完全匹配的序列 基本用法: samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序...
vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools view-@30-bSY51015cold-3.sam|samtools sort-@30-oY51015cold-3.sort.bam#最后一个文件...
samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMcompression(implies--bam)-u,--uncompressedUncompressedBAMoutput(implies-...
将BAM格式文件转换为SAM格式文件: samtools view input.bam > output.sam 2.排序 将BAM格式文件按照染色体位置排序: samtools sort input.bam -o output.bam 3.索引 生成BAM格式文件的索引: samtools index input.bam 4.过滤 根据比对质量过滤BAM格式文件: ...
samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam 建议使用tophat2+cufflinks的软件组合进行转录组的比对和分析 具体教程会在后面更新 ...
输入BAM文件,产生bcf或pileup格式的文件,bcf格式文件可以通过bcftools处理检测snp和indel。Pileup文件可通过varscan检测变异(如snp、indel等) samtools mpileup test.sort.dup.bam -o test.sort.dup.bcf # bcftools bcftools call -Ovm -o out.vcf test.sort.dup.bcf # samtools+ VarScan samtools mpileup -f ...
#第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.bam.bai的文件 ...
1、sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m ] -m 参数默认下是 500,000,000 即500M（不支持K，M，G等缩写）。对于处理大数据时，如果内存够用，则设置大点的值，以节约时间。 -n 设定排序方式按short reads的ID排序。
samtools sort test.bam -o test_sorted Creating a BAM index file samtools index test_sorted.bam test_sorted.bai Converting a BAM file to a SAM file Note: remember to use -h to ensure the converted SAM file contains the header information. Generally, I suggest storing only sorted BAM files...