samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、...
samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文...
samtools sort -@ 2 -o ${outdir}/${sample}.sort.bam ## 建索引 samtools index d0_sort.bam BWA本身不直接输出BAM文件。它通常输出SAM格式的文件,用于存储序列比对结果。但是SAM文件比较占用空间,为了得到BAM格式的文件(一种更紧凑的二进制格式),通常通道符叠加使用samtools 将BWA的输出从SAM格式转换为BAM格...
一、安装Samtools sort 安装Samtoolssort前,首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具,包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此,Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来,所以安装Samtools是必须的前置步骤。 1.1安装Samtools Samtools的安装方式有多种,包括源代码安装、...
要对bam文件进行排序,你可以使用samtools的sort命令。以下是一个详细的步骤指南,包括命令的使用和解释: 了解samtools工具的基本用法和参数: samtools是一个用于处理SAM和BAM格式文件的工具集。 sort命令用于对bam文件中的读段进行排序。 准备需要排序的bam文件: 确保你已经有一个需要排序的bam文件,例如input.bam。
vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools view-@30-bSY51015cold-3.sam|samtools sort-@30-oY51015cold-3.sort.bam#最后一个文件...
bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam 建议使用tophat2+cufflinks的软件组合进行转录组的比对和分析 具体教程会在后面更新 ...
samtools是一个用于操作sam和bam文件(通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的,具体格式可以在消息框输入“SAM”查看)的工具合集,包含有许多命令。以下是常用命令的介绍。 1.View view命令的主要功能是:将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作...
将2个或2个以上的已经sort了的bam文件融合成一个bam文件。融合后的文件不需要则是已经sort过了的。 Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] <out.bam> <in1.bam> <in2.bam>[...] Options: -n sort by read names -r attach RG tag (inferred from file names) ...
sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam 建议使用tophat2+cufflinks的软件组合进行转录组的比对和分析 ...