将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
-H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam ...
samtools view -F 4 test.bam |awk '{print $6}'|grep '[IDNSHPX]'|head -5 2.Sort 对bam文件进行排序 基本用法: samtools sort -@ 10 -o test.bam test.sam -@ 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。-o 输出文件名 3.Merge 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文...
一、安装Samtools sort 安装Samtoolssort前,首先需要安装Samtools。Samtools是一个处理SAM/BAM格式文件的一套基本的命令行工具,包括文件格式转换、排序、索引、过滤等常用功能。因此,Samtools sort也是基于Samtools的功能扩展而来,所以安装Samtools是必须的前置步骤。 1.1安装Samtools Samtools的安装方式有多种,包括源代码安装、...
sort samtools sort -@ 4 d0.sam -o ./d0_sort.bam -T #设置临时文件前缀,将临时文件写入PREFIX.nnnn.bam(排序过程中会产生好多临时文件) -@ #定义命令执行所用的n个线程(排序和压缩) -o #将最终排序输出写入FILE,而非标准输出,设定排序后的输出文件名 ...
1. sam文件转化bam bam文件是二进制文件,占用磁盘空间小,运算速度快,samtools操作是针对bam文件的,所以我们要进行数据转化。samtools sort指令可以将bam文件进行排序,这个指令同时也可以将sam文件转化成bam文件: 1 2 3 4 5 #!/bin/bash ls *.sam | while read id ...
vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools view-@30-bSY51015cold-3.sam|samtools sort-@30-oY51015cold-3.sort.bam#最后一个文件...
#第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.bam.bai的文件 ...
Samtools index sample.sort.bam#对bam文件建立索引,默认生成文件为bam文件加.bai,此处生成sample.sort.bam.bai; Samtools rmdup sample.sort.bam sample.dedup.bam#去除PCR等实验过程中产生的多余duplications; Samtools mpileup –q 20 –d 8000 –ugo sample.bcf –f ref.fa sample.dedup.bam#variant calls ...
第一部分| SAM Header(非强制) 这个部分能够被/^@[A-Z][A-Z](t[A-Za-z][A-Za-z0-9]:[ -~]+)+$/或/^@COt.*/这两个表达式进行匹配。比如说你随便有一个BAM文件(包含header),就能被这个表达式进行匹配。 samtools view -h S43S1-M_H3K5FDMXX_L1_sort.bam ...