也就是我们常说的Samtools三步曲:sam转bam,bam排序,bam建索引(旧版本),但是目前samtoools 对sam文件进行 sort 排序的时候是可以直接输出bam的,因此可以缩减为2步——sam排序输出bam、bam建索引。 ## 示例 ## sam排序,输出bam samtools sort -@ 2 -o ${outdir}/${sample}.sort.bam ## 建索引 samtools ...
vim sam2bam.sh#按一下i进入编辑模式,写入以下内容!/bin/bashforiinY51015cold-1Y51015cold-2#sam文件的名字dosamtools view-@30-bS ${i}.sam|samtools sort-@30-o ${i}.sort.bam $#转化并排序done samtools view-@30-bSY51015cold-3.sam|samtools sort-@30-oY51015cold-3.sort.bam#最后一个文件...
将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
-H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam ...
根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam 将bam文件合并并排序 $ samtools index sample.sort.bam 生成索引,产生.bai文件,用于快速检索reads,必须进行排序后再index。tview...
Samtools作为一款操作序列比对结果文件(SAM/BAM)的工具,能够灵活转换sam/bam,并且能基于参考序列和Sam/bam文件进行变异位点检测,并通过bcftools进行变异结果统计。本期将基于上期bwa软件的比对结果,利用samtools进行变异检测。 一、软件安装 下载地址http://www.htslib.org/download/,利用wget下载得到samtools-1.5.tar.bz2...
#第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.bam.bai的文件 ...
sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多 重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 ...
samtools sort test.bam -o test_sorted Creating a BAM index file samtools index test_sorted.bam test_sorted.bai Converting a BAM file to a SAM file Note: remember to use -h to ensure the converted SAM file contains the header information. Generally, I suggest storing only sorted BAM files...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...