samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.bam [E::...
samtools view[options]in.sam|in.bam|in.cram[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM 输出BAM格式-C,--cramOutputCRAM(requires-T)输出CRAM文件-1,--fastUsefastBAMcompression(anddefaultto--bam)快速压缩(需要-b)-u,--uncompressedUncompressedBAMoutput(anddefaultto--bam)输出未压缩的bam文件,节约时间,...
Samtools是一套实用工具,用于处理SAM(序列比对/映射)、BAM和CRAM格式的比对数据【通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,STAR等等产生的】。它可以在这些格式之间进行转换,执行排序、合并和构建索引,还能快速检索任何区域的读取数据。其包含有许多子命令: ...
ofOPTIONor OPTION=VALUE-O,--output-fmt FORMAT[,OPT[=VAL]]...Specifyoutput format(SAM,BAM,CRAM)--output-fmt-option OPT[=VAL]Specifya single output file format optioninthe form ofOPTIONor OPTION=VALUE--referenceFILEReferencesequenceFASTAFILE[null]-@,--threadsINTNumberof additional threads to ...
主要功能:sam和bam文件之间相互转换,针对bam文件进行相关操作。bam文件是sam文件的二进制格式,占据内存较小且运算速度快。 查看view的主要参数: 重要参数释义: -b:输出bam格式,用于后续分析 -C:输出CRAM文件 -1:快速压缩(需要-b) -u:输出未压缩的bam文件,节约时间,占据较多磁盘空间(需要-b) ...
samtools index input.bam 或者,如果你的文件是CRAM格式,使用: bash samtools index input.cram 执行成功后,会生成一个以.bai(对于BAM文件)或.crai(对于CRAM文件)为后缀的索引文件。 验证索引是否成功建立,并检查生成的索引文件: 你可以通过检查当前目录下是否生成了相应的.bai或.crai文件来验证索引是否成功建立...
-O FORMAT 设置最终输出的文件格式,可以是bam,sam或者cram,默认为bam; -T PREFIX 设置临时文件的前缀; -@ INT 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。 例子: 当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的...
samtools sort用来对SAM/BAM/CRAM文件进行排序,按最左坐标排序,或使用-n时按读取名称排序。默认情况下,排序后的输出被写到标准输出,或者在使用-o时写到指定的文件(out.bam)。此命令还将创建临时文件tmpprefixv.%d。当整个对齐数据无法装入内存时(通过-m选项控制),根据需要使用bam。