接下来,我们要做的事情就是使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引。 一.SAMtools介绍 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
samtools index test_sorted.bam test_sorted.bai Converting a BAM file to a SAM file Note: remember to use -h to ensure the converted SAM file contains the header information. Generally, I suggest storing only sorted BAM files as they use much less disk space and are faster to process. sam...
samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMcompression(implies--bam)-u,--uncompressedUncompressedBAMoutput(implies-...
SAMTools是一个用于处理SAM格式文件的工具,功能包括SAM到BAM或相反方向的文件格式转换、文件合并、排序、建立索引等。 SAM(sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,用来存储reads到参考序列的比对信息,以制表符作为分隔符。BAM是SAM的二进制文件,占用的磁盘空间比SAM文本文件小,且使...
samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam # 自定义线程数 samtools view -@ 50 -bS test.sam >test.bam 来源:https://bl
samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwame...
sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 ...
这里需要考虑header所占的行 grep"@"-V test.sam|head -6021|tail -1 2. 可能是软件版本的问题，看看你header中sam文件对应的版本，以及你使用的samtools软件版本是否匹配 如果SAM文件格式不太清楚的，可以看我的文章天天打豆豆：SAM|BAM文件格式解析 参考 sequence and quality are inconsistent 打开...
[-r read]-b 以BAM格式输出，可以用于samtools的后续分析 -u 以未压缩的BAM格式输出，可以节约时间，一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式，如果确实@SQ头，则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam ...