接下来,我们要做的事情就是使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引。 一.SAMtools介绍 SAMtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩...
depad convert paddedBAMto unpaddedBAMsamples list the samplesinasetof SAM/BAM/CRAMfiles--Mischelp[cmd]displaythishelp message or helpfor[cmd]version detailed version information 这里看到基础命令主要分为六个模块,分别为索引、编辑、文件操作、统计、视图以及其他。这里想要SAM格式转为BAM格式,主要用到的是...
samtools view-b -S test.sam -o test.bam # 自定义线程数 samtools view-@50-bS test.sam >test.bam
samtools index test_sorted.bam test_sorted.bai Converting a BAM file to a SAM file Note: remember to use -h to ensure the converted SAM file contains the header information. Generally, I suggest storing only sorted BAM files as they use much less disk space and are faster to process. sam...
sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多 重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 ...
bowtie2是当今流行的序列比对软件，其输出结果为sam后缀名的文件 sam格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多 重比对结果 而bam格式文件...
sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 ...
这里需要考虑header所占的行 grep"@"-V test.sam|head -6021|tail -1 2. 可能是软件版本的问题，看看你header中sam文件对应的版本，以及你使用的samtools软件版本是否匹配 如果SAM文件格式不太清楚的，可以看我的文章天天打豆豆：SAM|BAM文件格式解析 参考 sequence and quality are inconsistent 打开...
使用samtools来对sam/bam/cram相互转换 1.sam <=>bam samtools view -h NA12878.bam >NA12878_2.sam samtools view -b -S NA12878.sam > NA12878_2.bam 1. 2. 2. cram=>bam samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam ...
1. 使用less或者grep找到对应的行，这里需要考虑header所占的行 grep"@"-V test.sam|head -6021|...