# samtools view 使用说明:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-Hprint headeronly(no alignments)仅仅输出文件的头-Sinput isSAM默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好...
sam格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。 主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果 而bam格式文件可以理解为时sam格式文件的二进制保存 在进行下一步的转录本组装时要用到cufflink...
在老版本1.9的samtools中,需要用-s 指定sam文件,1.14中不需要指定。 samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMco...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
将bam文件转为sam文件基本用法: samtools view -h -o test.sam test.bam -b 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式-S 默认下输入是 BAM 文件,若是输入是 SAM 文件,则最好加该参数,否则有时候会报错。-o 输出文件名 提取比对到参考序列上的比对结果F ...
samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam # 自定义线程数 samtools view -@ 50 -bS test.sam >test.bam 来源:https://bl
samtools是一个处理SAM/BAM文件的工具包,可以进行格式转换、排序、索引、过滤、统计等操作。以下是samtools的常用用法: 1.格式转换 将SAM格式文件转换为BAM格式文件: samtools view -S -b input.sam > output.bam 将BAM格式文件转换为SAM格式文件: samtools view input.bam > output.sam ...
samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwame...
SAM文本文件体积太大,需要转换为二进制的BAM文件以节省空间 samtools view -S -b align.sam > align....
#第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.bam.bai的文件 ...