# samtools view 使用说明:-b outputBAM默认下输出是SAM格式文件,该参数设置输出BAM格式-h print headerfortheSAMoutput 默认下输出的 sam 格式文件不带 header,该参数设定输出sam文件时带 header 信息-Hprint headeronly(no alignments)仅仅输出文件的头-Sinput isSAM默认下输入是BAM文件,若是输入是SAM文件,则最好...
在进行下一步的转录本组装时要用到cufflinks软件,而cufflinks只接受bam格式的文件作为输入,所以我们要把sam格式的文件转换为bam格式的文件以便进行下一步操作 samtools可以有效地帮我们解决这个问题 代码语言:javascript 复制 samtools view[-bhuHS][-tin.reList][-o output][-f repFlag][-FskipFlag][-q minMapQ]...
1.sam <=>bam samtools view -h NA12878.bam >NA12878_2.sam samtools view -b -S NA12878.sam > NA12878_2.bam 1. 2. 2. cram=>bam samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.sam >artificial.bam samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. ...
005、bam转sam [root@PC1 002_result]# ls SRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.bai [root@PC1 002_result]#samtools view-h SRR21814498.sorted.bam -o test.sam ## bam转换未sam [root@PC1 002_result]# ls SRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.bai test.sam [root@PC1 0...
samtools是一个处理SAM/BAM文件的工具包,可以进行格式转换、排序、索引、过滤、统计等操作。以下是samtools的常用用法: 1.格式转换 将SAM格式文件转换为BAM格式文件: samtools view -S -b input.sam > output.bam 将BAM格式文件转换为SAM格式文件: samtools view input.bam > output.sam ...
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具集合。 1. view view命令的主要功能是:将输入文件转换成输出文件,通常是将比对后的sam文件转换为bam文件,然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作)。
一、samtools view功能 1、将sam文件转化为bam文件 samtools view -bS in.sam > in.bam 是view的一个应用-b指定输出文件为bam, -S 指定输入文件为sam 2、查看bam文件的header信息 samtools view -H in.bam 3、取出bam文件的一部分 samtools view -b your.bam Chr1 > Chr1.bam ...
samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file:
samtools index SRR00000_sorted.bam 通常以上的三个步骤是依次进行 2、格式转换 sam -> bam samtools view -S SRR00000.sam -b > SRR00000.bam bam -> sam samtools view -h SRR00000.bam -b > SRR00000.sam ...
案例一:sam和bam格式转换 samtools view -Sb -o A1.bam /ifs1/Sequencing/A1.sam 案例二:排序 samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o A1.sorted.bam A1.bam 案例三:建立索引 samtools faidx ref.fna samtools index A1.sorted.bam 案例四:提取序列 ...