samtools index your_file.bam 这将生成一个名为 your_file.bam.bai 的索引文件。 查看特定区域 一旦你有了索引文件,就可以使用 samtools view 命令加上区域坐标参数来查看 BAM 文件中的特定区域了。例如,如果你想查看染色体 1 上从 100,000 到 200,000 位置的比对情况,可以使用以下命令: bash samtools view...
1.samtools view samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输...
samtools tview -p chr17 test_sort.bam genome.fa bam文件合并 使用samtools merge命令将BAM文件合并为单个文件,假设您要将3个BAM文件(file1.bam,file2.bam和file3.bam)合并为名为merged.bam的单个文件。 samtools merge merged.bam file1.bam file2.bam file3.bam fastq文件建索引 结果会生成后缀为.fai的...
$ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref.fa samtools view-btref.fa.faiout.sam>out.bam 2. sort 对bam文件进行排序,不能对sam文件进行排序。以lef...
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...
view主要用途有两个,一是文件SAM和BAM之间的格式转换,二是查看二进制文件 stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 ...
其实,我们之前已经在第22题提醒过大家使用samtools tview这个工具了。它可以sort好的BAM文件进行可视化,并提供随机访问功能。 测试文件 # SAM测试文件的baidu盘下载地址 链接:https://pan.baidu.com/s/15gVVYPRu3VbF_uKbJUUGrA 密码:2drn 什么叫随机访问呢?
2⃣️ 提取比对到参考基因组上的reads:samtools view -bF 4 file.bam > file.F.bam。。若提取两条reads都比对上,则F值设计为12。 4+8 3⃣️ 提取bam文件中比对到chr3的结果,并以sam文件保存:samtools view file.bam chr3 > chr.sam
使用`samtools view`命令将SAM转换为BAM文件时遇到“no SQ lines present in the header”报错 https://gitee.com/biox-lab/biclass.biox/blob/master/%E4%BF%AE%E4%B8%9A/Bioinformatics/Algorithm/Mapping/Software/samtools/%E4%BD%BF%E7%94%A8%60samtools%20view%60%E5%91%BD%E4%BB%A4%E5%B0%86...