samtools view -h -f 0x0040 test.bam > test_first_pair.sam 0x0040 is hexadecimal十六进制 for 64 (i.e. 16 * 4), which is binary for 1000000, corresponding to the read in the first read pair. Filtering out unmapped reads in BAM files samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_m...
将比对上的reads转换为双端FASTQ文件:使用samtools的fastq命令,你可以将比对上的reads从BAM文件中提取并输出为双端FASTQ文件:samtools fastq -1 mapped_1.fq -2 mapped_2.fq -s mapped_singles.fq mapped.bam 这将从mapped.bam中提取比对上的reads,并将它们保存为两个双端FASTQ文件(mapped_1.fq和mapped_2.fq...
-n 设置按照read名称进行排序; -o FILE 设置最终排序后的输出文件名; -O FORMAT 设置最终输出的文件格式,可以是bam,sam或者cram,默认为bam; -T PREFIX 设置临时文件的前缀; -@ INT 设置排序和压缩是的线程数量,默认是单线程。 3.samtools index 必须对bam文件进行默认情况下的排序后,才能进行index。否则会...
在进行下一步的转录本组装时要用到cufflinks软件，而cufflinks只接受bam格式的文件作为输入，所以我们要把sam格式的文件转换为bam格式的文件以便进行下一步操作 samtools可以有效地帮我们解决这个问题 samtools view [-bhuHS] [-t in.reList] [-o output] [-f repFlag] [-F skipFlag] [-q min...
[-r read] -b 以BAM格式输出,可以用于samtools的后续分析 -u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam ...
SAM文本文件体积太大,需要转换为二进制的BAM文件以节省空间 samtools view -S -b align.sam > align....
[-r read] -b 以BAM格式输出,可以用于samtools的后续分析 -u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam ...
hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools flagstat NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage2.bam [W::bam_hdr_read] EOF marker is absent. The input is probably truncated. 248958 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) ...
2. 可能是软件版本的问题，看看你header中sam文件对应的版本，以及你使用的samtools软件版本是否匹配 如果...
SAMtools的主要功能是读取、写出、编辑、查看SAM/BAM/CRAM格式的数据文件。SAMtools官方网站：http://www.htslib.org/ 链接：http://www.htslib.org/download/ 安装：这里看到基础命令主要分为六个模块，分别为索引、编辑、文件操作、统计、视图以及其他。这里想要SAM格式转为BAM格式，主要用到的是Viewing...