samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、...
samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.bam [E::...
samtools merge out.bam test1.bam test2.bam test3.bam 4.Index 为了能够快速访问bam文件,可以为已经基于坐标排序后bam或者cram的文件创建索引,生成以.bai或者.crai为后缀的索引文件。必须使用排序后的文件,否则可能会报错。另外,不能对sam文件使用此命令。如果想对sam文件建立索引,那么可以使用tabix命令创建。 基...
samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMcompression(implies--bam)-u,--uncompressedUncompressedBAMoutput(implies-...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
SAMtools的主要功能是读取、写出、编辑、查看SAM/BAM/CRAM格式的数据文件。SAMtools官方网站：http://www.htslib.org/ 链接：http://www.htslib.org/download/ 安装：这里看到基础命令主要分为六个模块，分别为索引、编辑、文件操作、统计、视图以及其他。这里想要SAM格式转为BAM格式，主要用到的是Viewing...
-C:输出CRAM文件 -1:快速压缩(需要-b) -u:输出未压缩的bam文件,节约时间,占据较多磁盘空间(需要-b) -h:默认输出sam文件不带表头,该参数设定后输出带表头信息 -H:仅仅输出表头信息 -c:仅打印匹配数 -o:输出文件(stdout标准输出) -U:输出没有经过过滤选择的reads ...
Samtools 是一组实用程序,用于操作 SAM(序列比对/映射)、BAM 和 CRAM 格式的比对。它在格式之间进行转换,进行排序、合并和索引,并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。接下来小编就为大家介绍一下Samtools吧!安装方法 方法一:下载安装包一步步安装,链接地址为:https://github.com/samtools/samto...
Samtools是高通量测序数据分析中的重要工具，由samtools和bcftools两部分构成，分别针对SAM/BAM/CRAM和BCF2/VCF/gVCF格式文件进行操作。以下是Samtools的主要功能概述：首先，视图查看功能（Viewing）允许我们处理和检查比对结果。通过samtools view，可以将SAM格式转换为BAM格式，便于计算机处理。这个命令不仅用于...
samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式 ...