samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、...
samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.bam [E::...
samtools merge out.bam test1.bam test2.bam test3.bam 4.Index 为了能够快速访问bam文件,可以为已经基于坐标排序后bam或者cram的文件创建索引,生成以.bai或者.crai为后缀的索引文件。必须使用排序后的文件,否则可能会报错。另外,不能对sam文件使用此命令。如果想对sam文件建立索引,那么可以使用tabix命令创建。 基...
samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMcompression(implies--bam)-u,--uncompressedUncompressedBAMoutput(implies-...
Samtools是一款处理高通量测序数据的常用软件,主要包括samtools和bcftools两个工具。Samtools用于对SAM/BAM/CRAM格式文件进行读/写/编辑/建索引/查看等;bcftools可用于对BCF2/VCF/gVCF格式文件进行读/写,对SNP…
SAMtools的主要功能是读取、写出、编辑、查看SAM/BAM/CRAM格式的数据文件。SAMtools官方网站：http://www.htslib.org/ 链接：http://www.htslib.org/download/ 安装：这里看到基础命令主要分为六个模块，分别为索引、编辑、文件操作、统计、视图以及其他。这里想要SAM格式转为BAM格式，主要用到的是Viewing...
Hello, I'm having a problem using samtools view to convert from cram to bam. A small fraction of the records in the resulting bam files appear to have the "bin" field set to an incorrect value. (This shows up as error messages from Picar...
ofOPTIONor OPTION=VALUE-O,--output-fmt FORMAT[,OPT[=VAL]]...Specifyoutput format(SAM,BAM,CRAM)--output-fmt-option OPT[=VAL]Specifya single output file format optioninthe form ofOPTIONor OPTION=VALUE--referenceFILEReferencesequenceFASTAFILE[null]-@,--threadsINTNumberof additional threads to ...
Samtools 是一组实用程序,用于操作 SAM(序列比对/映射)、BAM 和 CRAM 格式的比对。它在格式之间进行转换,进行排序、合并和索引,并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。接下来小编就为大家介绍一下Samtools吧!安装方法 方法一:下载安装包一步步安装,链接地址为:https://github.com/samtools/samto...
Samtools是高通量测序数据分析中的重要工具，由samtools和bcftools两部分构成，分别针对SAM/BAM/CRAM和BCF2/VCF/gVCF格式文件进行操作。以下是Samtools的主要功能概述：首先，视图查看功能（Viewing）允许我们处理和检查比对结果。通过samtools view，可以将SAM格式转换为BAM格式，便于计算机处理。这个命令不仅用于...