当有多个样本的bam文件时,可以使用samtools的merge命令将这些bam文件进行合并为一个bam文件。Merge命令将多个已经排序后的bam文件合并成为一个排序的且保持所有输入记录并保持现有排序顺序的bam文件。 基本用法: samtools merge out.bam test1.bam test2.bam test3.bam 4.Index 为了能够快速访问bam文件,可以为已经基于...
samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file: bam2fastq -o blah_unaligned.fastq --no-aligned blah.bam...
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq $ wget http://www.hudsonalpha.org/gsl/static/software/bam2fastq-1.1.0.tgz $ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fa...
一、获得fastq文件 参考:bam文件转换fastq PS: 我获得的公司汇报的数据是 .bam 格式的, 所以需要将bam文件转换fastq 我的bam文件在 /home/lchen/circ/ ; 讲bam转换为fastqc, 用 bedtools 我的fastq文件将存放在 /home/lchen/hisat2/rna_seq/
samtools: fastq 从bam文件中提取出符合特定要求的fastq文件 samtools fastq [options] input.bam options: -1: 输出为双端测序的read 1 -2: 输出为双端测序的read 2 --barcode-tag: 根据metadata中CB:Z:cell-barcode一列的信息对fastq进行选择输出;cell-barcode可以是一个,也可以是由一个以上的cell-barcode...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...
SAM文件和BAM文件 1.SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式,用来存储reads到参考序列的比对信息。SAM是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。SAM分为两部分,注释信息(header section)和比对...
samtools index test.sorted.dup.bam #生成test.sorted.dup.bam.bai 3. 文件操作(file operations) sort 当利用FASTQ文件与参考基因组进行比对时,reads比对结果的顺序相对于它们在参考基因组中的位置而言是随机的,也就是说BAM文件按照序列在输入的FASTQ文件中出现的顺序排列。如果要进一步操作(如变异检测、IGV查看比对...
从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o <lane_sorted.bam> -T </tmp/lane_temp> <lane_fixmate.sam> (2)improvement 为了减少数据中插入带来的错误,重新align包含gap的alignment是有帮助的: java -Xmx2g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T RealignerTargetCreator \ ...
samtools view -bF 12 sample.bam > sample_all.mapped.bam #提取没有比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bf 4 sample.bam > sample_unmapped.bam 四、bam文件转化为fastq文件 将输入的bam文件转化为fastq文件,并将结果保存至指定的输出-1-2-0-0-s中. ...