基因组测序下机数据或从基因组测序网站下载的未比对测序文件通常以fasta格式（包含每条read的序列信息）或...
1. 从参考基因组建立一个索引 2. 将FASTA和FASTQ文件中的序列同索引进行比对 一.ncbi上下载了wol细菌的100条序列,作为ref。 二.BWA比对 1.先是构建索引: ./bwa index /share/home/myname/wol/wol100.fas -p wol -p索引文件前缀名 -a bwtsw :参考基因组大于2G的时候添加该参数 生成的索引文件:wol100....
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq wget http://www.hudsonalpha.org/gsl/static/software/bam2fastq-1.1.0.tgz tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz cd bam2fastq-1.1.0make./bam2fastq<in.bam> 11....
chr20.250k.fa.gz human_g1k_v37_chr1_59kb.2bit multiline_fastq.fq single_fastq_sample4.fq.output test_rowgroup_rangeindex.1.txt dict_with_accession.dict human_g1k_v37_chr1_59kb.fasta ordered.sam small.bam unmapped.sam example_intervals.list improper_pairs_1.fq parquet_lister_dir_empty s...
mpileup：multi-way pileup 本命令用于对bam文件进行处理，生成mpileup, VCF或BCF文件，再使用bcftools或varscan2进行SNP和Indel变异位点的检测（耗时较长，且灵敏度并不高，不建议使用）。（8） fastq/a ：converts a BAM to a FASTQ/A 本命令将bam文件转换为fastq或fasta格式。Summary | 总结 ...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA 示例 2.3.1)samtools sort -nRNA-seq.bam>RNA-seq_sorted_out.bam #将bam文件进行排序 2.3.2)samtools fastq RNA-seq.bam >RNA-seq.fq #将bam 文件转化为fastq 2.3.3)samtools fasta RNA-seq.bam >RNA-seq.fa #将bam 文件转化...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。
samtools mpileup-C50-fref.fasta-r chr3:1,000-2,000in1.bam in2.bam samtools coverage aln.sorted.bam samtools flags PAIRED,UNMAP,MUNMAPsamtools fastq input.bam>output.fastq samtools fasta input.bam>output.fasta samtools addreplacerg-r'ID:fish'-r'LB:1334'-r'SM:alpha'-o output.bam input....
gatk-examples_example1_NA20318_ERR250971_1.filt.fastq.gz gunzip gatk-examples_example1_NA20318_ERR250971_1.filt.fastq.gz wget https://public-ehpc-package.oss-cn-hangzhou.aliyuncs.com/lifescience/gatk-examples_example1_NA20318_ERR250971_2.filt.fastq.gz gunzip gatk-examples_example1_NA20318...