公司一波操作之后,把原本的FASTQ文件转成了FASTA文件。接下来我就需要进行比对,用的bowtie, 只不过额外用了-f参数表示输入是FASTA,然后让他输出成SAM文件,之后直接跟着一个samtools sort进行排序 bowtie -f -S -p 80 ../ref/Athaliana <(zcat test_clean.fa.gz) | samtools sort -@ 20 > test-1.bam& ...
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq $ wget http://www.hudsonalpha.org/gsl/static/software/bam2fastq-1.1.0.tgz $ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fa...
samtools faidx ref.fasta 生成了索引文件fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。 第一列是序列名称 第二列为序列长度 第三列是OFFSET,第一个碱基的偏移量,以0为起始值。序列所在的位置”,因为该数字从上往下逐渐变大,最后的数字是genome.fasta文件的大小 第四列LINEBASES,除了最后一行以外,其他代表序列的碱基数...
对fasta参考基因组建索引(faidx) samtools faidx ref.fa #生成ref.fa.fai index 对BAM文件建索引 samtools index test.sorted.dup.bam #生成test.sorted.dup.bam.bai 3. 文件操作(file operations) sort 当利用FASTQ文件与参考基因组进行比对时,reads比对结果的顺序相对于它们在参考基因组中的位置而言是随机的,也...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。
fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) ...
$ ./bam2fastq <in.bam> 1. 2. 3. 4. 5. 10. mpileup samtools还有个非常重要的命令mpileup,以前为pileup。该命令用于生成bcf文件,再使用bcftools进行SNP和Indel的分析。bcftools是samtool中附带的软件,在samtools的安装文件夹中可以找到。 最常用的参数有2: -f 来输入有索引文件的fasta参考序列; -g 输出...
# -F 4 参数表示提取出比对上的序列, -f 4 则是提取未比对上的序列。 最后得到一个fasta文件,使用这个fasta文件就可以进行下一步的序列拼接了。 之后使用Trinity进行拼接测试,但是总是运行一段时间就莫名其妙的断掉了,也没有任何报错信息,后来将输出的fasta文件改成fastq文件之后可以正常拼接,输出fastq的命令问...
目的:筛选出能比对到参考序列的reads,形成新的fastq文件 使用软件:BWA,Samtools 一、构建索引 bwa index ref.fasta 可选参数: -p 索引文件前缀名 -a bwtsw :参考基因组大于2G的时候添加该参数 生成的索引文件:ref.fasta.amb、ref.fasta.ann、ref.fasta.bwt、ref.fasta.pac、ref.fasta.sa ...
(参考资料)Samtools文档翻译及简单示例