10.Fastq 将bam文件转为fastq格式 基本用法: samtools fastq test.bam > test.fastq
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq $ wget http://www.hudsonalpha.org/gsl/static/software/bam2fastq-1.1.0.tgz $ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fa...
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq $ wget http://www.hudsonalpha.org/gsl/static/software/bam2fastq-1.1.0.tgz $ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fa...
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq $ wget http://www.hudsonalpha.org/gsl/static/software/bam2fastq-1.1.0.tgz $ tar zxf bam2fastq-1.1.0.tgz $ cd bam2fastq-1.1.0 $ make $ ./bam2fa...
这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序: http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq 1:从bam中过滤掉没有比对上的信息,并将比对上的部分保存到sam中 2:从bam中过滤没有比对上的信息,并保存到bam中:(要加-h,表示输出header) 注意:虽然有些...
9. 将bam文件转换为fastq文件 有时候,我们需要提取出比对到一段参考序列的reads,进行小范围的分析,以利于debug等。这时需要将bam或sam文件转换为fastq格式。 该网站提供了一个bam转换为fastq的程序:http://www.hudsonalpha.org/gsl/information/software/bam2fastq ...
-n don't append /1 and /2 to the read name -O output quality in the OQ tag if present -s FILE write singleton reads to FILE [assume single-end] -t copy RG, BC and QT tags to the FASTQ header line -v INT default quality score if not given in file [1] ...
samtools fastq A1.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz -c 6 案例七:tview samtools tview A1.sorted.bam samtools tview A1.sorted.bam ref.fna 案例八:depth samtools depth A1.sorted.bam >A1.depth 案例九:flagstat samtools flagstat A1.sorted.bam 案例十: samtools idxstats A1...
文件操作（File Operations）包括排序BAM文件，因为原始BAM文件的顺序与FASTQ中的输入顺序随机，排序后便于进行变异检测等后续分析。通过对比排序前后的结果，差异明显。统计功能（Statistics）涉及对BAM文件进行深度统计，例如计算每个位置的测序覆盖深度。bcftools可以处理bcf格式文件，提供SNP和indel的检测和统计...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...