samtools fixmate -O bam <lane.sam> <lane_fixmate.bam> 从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o <lane_sorted.bam> -T </tmp/lane_temp> <lane_fixmate.sam> (2)improvement 为了减少数据中插入带来的错误,重新align包含gap的alignment是有帮助的: java -Xmx2g -jar Gen...
samtools fixmate -O bam <lane.sam> <lane_fixmate.bam> 从fastq中的name顺序转换为coordinate order: samtools sort -O bam -o<lane_sorted.bam>-T </tmp/lane_temp><lane_fixmate.sam> (2)improvement 为了减少数据中插入带来的错误,重新align包含gap的alignment是有帮助的: java -Xmx2g -jar GenomeAn...
samtools sort -@ 3 -o t.sort.bam t.aligned.bam 先看一个FASTQ文件的前几行信息: head SRR2584863_1.fastq @SRR2584863.3 HWI-ST957:244:H73TDADXX:1:1101:9337:2248/1 ATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCGATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGCGCCTGCATCATCGCG...
可以使用samtools fastq命令从bam文件中提取特定的fastq序列。 使用帮助 samtools fastq Usage:samtools fastq[options...]<in.bam>Options:-0FILEwrite reads designatedREAD_OTHERtoFILE-1FILEwrite reads designatedREAD1toFILE-2FILEwrite reads designatedREAD2toFILEnote:ifa singleton fileisspecified with-s,only pai...
samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file:
samtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合,具有众多的功能。 首先呢,bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的,这些软件我们后面会谈到。 软件下载安装: 地址:https://sourceforge.net/projects/samtools/ 解压下载后的压缩文件,然后你会看到README文件,里面有详细的安装操作说明。
samtools view test.bam chrM > test.chrM.sam # 提取chr1上能比对到30k到100k区域的比对结果 samtools view test.bam chr1:30000-100000 > test.chr1_30k-100k.sam 六.将sam文件、bam文件、fastq文件之间转换 ## bam文件转fastq文件 samtools fastq -N -1 sample_P1.fq -2 sample_P2.fq sample.bam ...
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因...
examples_example1_NA20318_ERR250971_1.filt.fastq \ gatk-examples_example1_NA20318_ERR250971_2.filt.fastq | samtools view -S -b - > ERR250971.bam#将比对记录按照顺序从小到大进行排序time samtools sort -@ 64 -O bam -o ERR250971.sorted.bam ERR250971.bam#去除DNA序列PCR扩增产生的重...
1109 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5) hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools flagstat NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage3.bam 97098407 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) ...