samtools fastq A1.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz -c 6 案例七:tview samtools tview A1.sorted.bam samtools tview A1.sorted.bam ref.fna 案例八:depth samtools depth A1.sorted.bam >A1.depth 案例九:flagstat samtools flagstat A1.sorted.bam 案例十: samtools idxstats A1...
samtools fastq [options] in.bam 将输入的bam文件转化为fastq文件,并将结果保存至指定的输出-1 -2 -o -0-s中. 其对序列的分类依据是序列末尾的READ1 flag和READ2 flag, flag有3类: 1 : Only READ1 is set. 2 : Only READ2 is set. 0 : Either both READ1 and READ2 are set; or neither is...
可见samtools depth参数输出测序深度的结果最小的测序深度为1. 004、samtools depth -a参数输出的结果为fastq比对到参考基因组的染色体上的所有位点的测序深度,即在depth参数输出结果的基础上,也输出测序深度为0的位点。可用如下脚本进行验证: a、如果输出fastq数据比对到参考基因组的染色体上所有位点的测序深度, 那么dep...
先看一个FASTQ文件的前几行信息: head SRR2584863_1.fastq @SRR2584863.3 HWI-ST957:244:H73TDADXX:1:1101:9337:2248/1 ATCAACAACACGCGTTTATTGGTCTGGCTGATCACCGCCGCCAGGTTGGCGCAGACAAAGGTTTTACCGATTGACGGGCTAACCCCGGTCATCATCAACACATTGTTCTGCGCCTGCATCATCGCGAAGTGCAGGCTG + C@CFFFFFHHHGHIIJJJJJJIIJIIJJJIIJJJJJ...
fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) ...
samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxstats test.sort.bam 结果返回一个表格,4列。
samtools只会调用其需要的线程,所以选项参数指定的过大时未必会白白占用计算资源。 alignment是整个流程的限速步骤 建议在shell脚本中加上以下设置,这样任何一个错误都会导致整个脚本的终止 set -o pipefail 上面的步骤没有丢弃任何没有mapping的数据,因此可以通过BAM文件转换回fastq文件,只是顺序会与原来的有所不同: ...
3:提取为fastq:主要参数为-f,-F,-G三个。 提取没有比对上的信息到fastq用: 提取比对上的reads到fastq用 REF: https://www.plob.org/article/7112.html http://www.chenlianfu.com/?p=1399 http://en.wikipedia.org/wiki/SAMtools http://www.htslib.org/doc/samtools-1.1.html http://source...
二者都是fastq文件经过序列比对或者mapping后输出的格式(其储存的信息都是一致的) 【flag】 1 : 代表这个序列采用的是PE双端测序 转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown) (sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,当然他可以用于存放未比对的数据。目前处理SAM格式...