samtools quickcheck -v *.bam > bad_bams 14、fastq 作用:bam文件转换为fastq 用法: samtools fastq test.bam 15、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 16、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxst...
单端数据比对的用法如下: hisat -x hg19 -p 20 -U reads.fq -S align.sam x是参考基因组索引文件的前缀, U为单端数据 , S为输出sam文件 实例 hisat2 -x /home/lchen/reference/hisat2_index/hg38/genome -p 20 -U /home/lchen/hisat2/rna_seq/c1.fastq -S /home/lchen/hisat2/aligned/ali...
samtools dict test.sort.bam sequences.fa 11、fastq 作用:bam文件转换为fastq 用法: samtools fastq test.bam 12、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: samtools fasta test.bam 13、idxstats 作用:检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息 Usage: samtools idxstats <in.bam> 用法: samtools idxsta...
数据格式fasta,fastq,sam,vcf,pileup 如果是bwa把参考基因组索引化,然后aln得到后缀树,然后sampe对双端数据进行比对 首先bwa index 然后选择算法,进行索引。 然后aln脚本批量处理 ==> bwa_aln.sh <== while read id do echo $id bwa aln hg19.fa $id >$id.sai done <$1 然后sampe脚本批量处理 ==> bw...
samtools bam2fq input.bam > output.fastq DESCRIPTION - 描述 Samtools是一个用来处理BAM格式(SAM的二进制格式,译者注)的比对文件的工具箱。它能够输入和输出SAM(序列比对/图谱)格式的文件,对其进行排序、合并、建立索引等处理,还可以快速获取任意区域的reads。
bwa aln reference.fa singleRead.fastq singleRead.sai 如果希望多线程运行,在其中加入 -t这个参数,另外-f这个参数可以指定结果输出文件,如: 1 bwa aln -c -t 3 -f leftreads.sai reference.fa leftreads.fastq step 3:转换SA coordinates输出为sam 如果是pair-end数据 1 bwa sampe -f pair-end.sam refe...
数据格式fasta,fastq,sam,vcf,pileup 如果是bwa把参考基因组索引化,然后aln得到后缀树,然后sampe对双端数据进行比对 首先bwa index 然后选择算法,进行索引。 然后aln脚本批量处理 ==> bwa_aln.sh <== while read id do echo $id bwa aln hg19.fa $id >$id.sai ...
如果是pair-end 数据(leftRead.fastq和rightRead.fastq)两个文件分别处理;single-end数据则直接处理。 1bwa aln reference.fa leftRead.fastq leftRead.sai 2bwa aln reference.fa rightRead.fastq rightRead.sai 3bwa aln reference.fa singleRead.fastq singleRead.sai ...
第一步:模拟生成双末端fastq文件 代码语言:javascript 复制 wgsim-N4000-1150-2150NC_008253.fna reads_1.fastq reads_2.fastq -N 参数用来指定reads的数量 -1, -2 用来指定双端reads的长度 还有其他参数可以空运行命令来查看 第二步:使用bowtie2将reads比对到参考基因组 ...
view命令中,对sam文件头部的输入(-t或-T)和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。 Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]] 默认情况下不加 region,则是输出所有的 region. Options: -b output BAM 默认下输出是 SAM 格式文件,该参数设置输出 BAM 格式 ...