单端数据比对的用法如下: hisat -x hg19 -p 20 -U reads.fq -S align.sam x是参考基因组索引文件的前缀, U为单端数据 , S为输出sam文件 实例 hisat2 -x /home/lchen/reference/hisat2_index/hg38/genome -p 20 -U /home/lchen/hisat2/rna_seq/c1.fastq -S /home/lchen/hisat2/aligned/ali...
samtools view -bS -1 test.sam > test.bam 提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam 提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -bf 4 test.bam > test.f.bam 双端reads都比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 12 test.bam > test.12.bam 单端reads...
--rna-strandness:默认unstranded,如果是链特异性文库要加上--rna-strandness RF。 -f:表示输入文件格式为fasta(默认),-q表示输入文件格式为fastq。可以是gzip压缩的文件。 -phred33:输入的FASTQ文件碱基质量值编码标准为phred33(默认)。 -k <int>:report up to <int> alignments per read; MAPQ not meaningfu...
数据格式fasta,fastq,sam,vcf,pileup 如果是bwa把参考基因组索引化,然后aln得到后缀树,然后sampe对双端数据进行比对 首先bwa index 然后选择算法,进行索引。 然后aln脚本批量处理 ==> bwa_aln.sh <== while read id do echo $id bwa aln hg19.fa $id >$id.sai done <$1 然后sampe脚本批量处理 ==> bw...
如果是pair-end 数据(leftRead.fastq和rightRead.fastq)两个文件分别处理;single-end数据则直接处理。 1 bwa aln reference.fa leftRead.fastq leftRead.sai 2 bwa aln reference.fa rightRead.fastq rightRead.sai 3 bwa aln reference.fa singleRead.fastq singleRead.sai 如果希望多线程运行,在其中加入 -t这...
如果是pair-end数据 1bwa sampe -f pair-end.sam reference.fa leftRead.sai rightRead.sai leftRead.fastq rightread.fastq 如果是single reads数据 1bwa samse -f single.sam reference.fa single.sai single.fastq 值此Reads的mapping工作已经完成。接下来用samtools后续处理。
数据格式fasta,fastq,sam,vcf,pileup 如果是bwa把参考基因组索引化,然后aln得到后缀树,然后sampe对双端数据进行比对 首先bwa index 然后选择算法,进行索引。 然后aln脚本批量处理 ==> bwa_aln.sh <== while read id do echo $id bwa aln hg19.fa $id >$id.sai ...
samtools bam2fq input.bam > output.fastq DESCRIPTION - 描述 Samtools是一个用来处理BAM格式(SAM的二进制格式,译者注)的比对文件的工具箱。它能够输入和输出SAM(序列比对/图谱)格式的文件,对其进行排序、合并、建立索引等处理,还可以快速获取任意区域的reads。
hisat2可以使用索引和RNA-seq测序数据（单端或双端）来进行序列比对，生成SAM或BAM格式的输出文件。序列...
wgsim (模拟生成fastq文件) bowtie2 samtools bedtools IGV 原文地址 [http://biobits.org/samtools_primer.html]() 第一步:模拟生成双末端fastq文件 代码语言:javascript 复制 wgsim-N4000-1150-2150NC_008253.fna reads_1.fastq reads_2.fastq -N 参数用来指定reads的数量 -1, -2 用来指定双端reads的长度...