[root@PC1 002_result]#samtools view-bF4SRR21814498.sorted.bam >test.F4.bam ###提取比对到参考序列上的比对结果[root@PC1 002_result]#lsSRR21814498.sorted.bam SRR21814498.sorted.bam.baitest.F4.bam[root@PC1 002_result]#ll-htotal3.2G-rw-r--r--.1root root1.7G Jul620:47SRR21814498.sor...
@SQ SN:chr16 LN:90354753 M5:fc9b1a7b42b97a864f56b348b06095e6 UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:chr17 LN:81195210 M5:351f64d4f4f9ddd45b35336ad97aa6de UR:file:///data/ck/samtool/fasta/hg19.fa @SQ SN:chr18 LN:78077248 M5:b15d4b2d29dde9d3e4f93d1d0f2cbc9c ...
$ samtools flagstat H1650RNA_S12.hg19.bam 28400342 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) # -c 2924468 + 0 secondary # -c -f0x100 0 + 0 supplementary 0 + 0 duplicates 28188350 + 0 mapped (99.25%:-nan%) # -c -F4 25475874 + 0 paired in sequencing 12737937 + 0 read...
$ samtools view -f4 sample.bam > sample.unmapped.sam # 或者 $ samtools view sample.bam |perl -alne '{print if $F[2] eq "*" or $F[5] eq "*" }' > sample.unmapped.sam 虽然上面两个方法得到的结果是一模一样的,但是这个perl脚本运行速度远远比不上上面的samtools自带的参数。
sample=`basename ${i} | awk -F "." '{print $1 }'` bcftools mpileup \ --regions-file ${bed} \ --fasta-ref ${ref} \ $i \ | bcftools call \ -cv \ -o ${sample}.bcftools.consensus-caller.raw.vcf #chr6-12.bed #6 0 1124234324 ...
samtools安装使用 samtools安装使⽤官⽹：s 安装：wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2 tar -jxvf samtools-1.9.tar.bz2 cd samtools-1.9 ./configure make make install
只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可$ samtools view-b-F12a.bam>a.F12.bam#提取没有比对到参考序列上的比对结果$ samtools view-b-f4a.bam>a.f4.bam#提取bam文件比对到scaffold1上的比对结果,并保存成sam文件格式#提取目的区域的比对结果前需先对bam文件进行排序$ samtools view a.bam scaffold1>...
This is the official development repository for BCFtools. See installation instructions and other documentation here http://samtools.github.io/bcftools/howtos/install.html - bcftools/plugins/isecGT.c at ca95dfef4cd624e50187d95c0db68e1ea4bf86c6 · samtool
commit 79e52c9624b6dd3bdfdf439f4b4bc6f774c230a4 Author: Nils Homer <nils.homer@lifetech.com> Date: Thu Feb 16 10:29:32 2012 -0500 * adding support for outputting a circos histogram file in "samtools depth". Use the "-c/-B" options. commit 2daad7b52daa86561c0fb65fe366691...
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