对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并显示fasta格式的子序列。输入文件可以使BGZF压缩格式的文件。输入文件中的序列要有不同的名称。如果...
1 建立索引 建立索引只需在Linux下输入命令：samtools faidx input.fa 这里序列文件为 input.fa，生成的索引文件以 .fai 结尾。需要注意的是，输入的fasta文件的每条序列除最后一行外，其余行的长度必须相同，否则会报错哦！最后生成的.fai文件如下， 共5列，以制表符分隔；第一列 NAME : 序列的名称...
基因组测序下机数据或从基因组测序网站下载的未比对测序文件通常以fasta格式(包含每条read的序列信息)或fastq格式(包含每条read的序列信息及每个碱基的质量评分)存储。samtools无法直接处理这两种格式,因此需要先使用比对软件(如minimap2、bwa-mem2等)对这些文件进行比对,以生成sam或bam格式文件。sam文件格式是未压缩的,...
samtools faidx~/database/Homo_sapiens_assembly38.fasta-o./Homo_sapiens_assembly38.fasta.fai #由于有索引文件,可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列 samtools faidx~/database/Homo_sapiens_assembly38.fasta chr1-o./hg38_chr1.fasta tview 查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的...
fasta是常用的序列存储格式,很多软件(如GATK、IGV等)在导入序列以及进行快速查找时通常需要建立索引文件。下面就来介绍如何使用 samtools 便捷的建立fasta文件的索引以及快速进行序列提取。 1 建立索引 建立索引只需在Linux下输入命令:samtools faidx input.fa
samptools depth: 输出fastq数据比对到染色体的位点深度大于0的深度信息。 samtools depth -a:输出fastq数据比对到染色体的所有位点的测序深度信息,包含0深度位点。 samtools depth -aa:输出fasta文件中所有染色体上位点的深度信息,包含fastq数据没有比对到的染色体。
samtools统计fasta文件序列长度,根据序列名提取序列 使用命令 samtools faidx input.fasta 1. 会生成一个input.fasta.fai的文件,文件的内容总共有5列 第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基 根据序列名提取序列 这里好像只能提取单条序列...
https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html 使用命令 samtools faidx input.fasta 会生成一个input.fasta.fai的文件,文件的内容总共有5列 第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基 根据序列名提取序列 这里好像只能提取单条序列 ...
samtools faidx 命令处理fasta序列 samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同,...
现在就是把这个实现方法记录下来 这个提取的作用个人觉得最大的好处就是一个rbd设备，在文件系统层被...