将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列.如果没有指定区域,faidx命令就创建文件索引并生成后缀为.fai的索引文件。如果指定区域,那么就是生产并显示fasta格式的子序列。输入文件可以使BGZF压缩格式的文件。输入文件中的序列要有不同的名称。如果...
bam_file = "example.bam" reference_file = "reference.fasta" process_mpileup_output(bam_file, reference_file) 图1:代码运行结果 对于深度学习来说,我们可能需要进一步对 pileup 信息进行特征化提取,例如: ● 覆盖度(Coverage): 可以直接使用 pileup 的第四列(read_count),表示覆盖度。 ● 碱基频率: 通...
samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMcompression(implies--bam)-u,--uncompressedUncompressedBAMoutput(implies-...
sam文件转换为bam文件——SAMtools - (jianshu.com)默认是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。-@8：8个线程 -o：输出文件 按read name排序：这里发现，原始的.bam文件，和.sort.bam以及.name.sort.bam文件的大小不一致，并且.sort.bam小很多，检查三个文件的行数：...
samtools tview aln.sorted.bam ref.fasta sort 将比对结果排序 samtools sort aln.bam aln.sorted reheader 将bam文件的头文件替换。 index 为sort后的bam文件建立所以,这是在 view 比对结果时指定染色体区域必须做的。 samtools index aln.sorted.bam
-u 以未压缩的BAM格式输出,可以节约时间,一般在管道执行时使用 -h 在结果中包含头header -H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam ...
quickcheck quickly check if SAM/BAM/CRAM file appears intact fastq converts a BAM to a FASTQ fasta converts a BAM to a FASTA -- Statistics bedcov read depth per BED region depth compute the depth flagstat simple stats idxstats BAM index stats ...
samtools view -bS artificial.cram >artificial2.bam 1. 2. 3. 遇到问题: hadoop@Mcnode6:~/cloud/adam/xubo/1000genomes/GIH/NA21144/alignment$ samtools view -b -S NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.cram >NA21144.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GIH.low_coverage.bam ...
If the header information is absent不存在 from the SAM file use the command below, where reference.fa is the reference fasta file used to map the reads: samtools view -bT reference.fa test.sam > test.bam If the header information is available: ...