● sorted_output.bam:输入的排序 bam 文件。 该命令会在sorted_output.bam所在的路径生成一个名为 sorted_output.bam.bai 的索引文件,它与排序后的 bam 文件配合使用,可以显著提高读取特定染色体或区间的速度。另外,很多基因组相关的软件算法在运行时会检查.bai索引文件是否存在,如果不存在会进行报错或者出现无输出...
本命令用于对bam文件进行处理,生成mpileup, VCF或BCF文件,再使用bcftools或varscan2进行SNP和Indel变异位点的检测(耗时较长,且灵敏度并不高,不建议使用)。 $ samtools mpileup -gf ref.fasta [-M capMapQ] [-Q minBaseQ] [-q minMapQ]<in1.bam> [...]= ...
samtools mpileup -vu test.sort.bam 如果有参考基因组的话 samtools mpileup -vuf genome.fasta test.sort.bam 10、dict 作用:建立参考基因组字典 用法: samtools dict test.sort.bam sequences.fa 11、fastq 作用:bam文件转换为fastq 用法: samtools fastq test.bam 12、fasta 作用:bam文件转换为fasta 用法: ...
If the header information is absent不存在 from the SAM file use the command below, where reference.fa is the reference fasta file used to map the reads: samtools view -bT reference.fa test.sam > test.bam If the header information is available: samtools view -bS test.sam > test.bam Sort...
samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。包含有许多命令。
samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> ...
安装成功后，在终端输入 samtools ，出现如下界面后，表示安装成功。Function & Command | 功能与命令（常用）（1）faidx ：index/extract FASTA 本命令对参考基因组（如hg19等）的fasta文件建立索引文件，生成的文件以.fai后缀结尾。（2）sort： sort alignment file 本命令对bam文件中的序列进行排序，...
根据fasta文件,将 header 加入到 sam 或 bam 文件中 samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.Sort sort对bam文件进行排序。一些软件需要sort的bam或者sam文件,如stringtie,所以必须要sort使用;求depth时,也必须要sort; Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam>...
sam文件转换为bam文件——SAMtools - (jianshu.com)默认是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。-@8：8个线程 -o：输出文件 按read name排序：这里发现，原始的.bam文件，和.sort.bam以及.name.sort.bam文件的大小不一致，并且.sort.bam小很多，检查三个文件的行数：...
9. 根据fasta文件，将header加入到sam或bam文件中。10. 对sam文件进行排序，按序列在fasta中的顺序排序。11. 将bam文件合并并排序。12. 生成索引，产生.bai文件，用于快速检索reads，必须进行排序后再index。tview前就需要index。13. 对基因组fasta序列索引，生成fai文件。14. 快速提取fasta格式子序列。