-o/g/v:输出文件类型(标准格式文件或者VCF、BCF文件) -t:设置FORMAT和INFO的列表内容,以逗号分割 -u:生成未压缩的VCF和BCF文件 -I:跳过INDEL检测 -m:候选INDEL的最小间隔的reads -f:输入有索引文件的fasta参考序列 -F :含有间隔reads的最小片段 …… 用法: 生成一个简单的vcf文件 samtools mpileup -vu te...
$ samtools view-Tgenome.fasta-h scaffold1.sam>scaffold1.h.sam (9)sam 和 bam 格式转换 #BAM转换为SAM $ samtools view-h-oout.samout.bam #SAM转换为BAM $ samtools view-bSout.sam>out.bam-b 意思使输出使BAMformat-S 意思使输入使SAM,如果@SQ 缺剩, 要写-t 所以如果没有@SQsamtools faidxref...
tview能直观的显示出reads比对基因组的情况,和基因组浏览器有点类似。 基本用法: samtools tview test.bam ref.fasta 当给出参考基因组的时候,会在第一排显示参考基因组的序列,按下 g ,则提示输入要到达基因组的某一个位点。Ctrl+H 向左移动1kb碱基距离;Ctrl+L 向右移动1kb碱基距离。可以用颜色标注比对质量,...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2. sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m <maxMem>] <in.bam> <out.prefix> -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间...
$ samtools view -T genome.fasta -h scaffold1.sam > scaffold1.h.sam 2.sort sort对bam文件进行排序。 Usage: samtools sort [-n] [-m ] -m 参数默认下是 500,000,000 即500M(不支持K,M,G等缩写)。对于处理大数据时,如果内存够用,则设置大点的值,以节约时间。
1、program: samtools (tools for alignments in the sam format) version: 0.1.19-44428cd usage: samtools options command: view sambam conversion sort sort alignment file mpileup multi-way pileup depth compute the depth faidx index/extract fasta tview text alignment viewer index index alignment ...
faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除
samtools tview Usage: samtools tview [options] <aln.bam> [ref.fasta] Options: -d display output as (H)tml or (C)urses or (T)ext -p chr:pos go directly to this position -s STR display only reads from this sample or group --input-fmt-option OPT[=VAL] Specify a single input fi...
9. 根据fasta文件，将header加入到sam或bam文件中。10. 对sam文件进行排序，按序列在fasta中的顺序排序。11. 将bam文件合并并排序。12. 生成索引，产生.bai文件，用于快速检索reads，必须进行排序后再index。tview前就需要index。13. 对基因组fasta序列索引，生成fai文件。14. 快速提取fasta格式子序列。
（1）faidx ：index/extract FASTA 本命令对参考基因组（如hg19等）的fasta文件建立索引文件，生成的文件以.fai后缀结尾。（2）sort： sort alignment file 本命令对bam文件中的序列进行排序，默认下是按序列在fasta文件中的顺序（即header）和序列从左往右的位点排序。（3）merge： merge sorted ...