-T:使用fasta格式的参考序列 …… 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS -1 test.sam > test.bam 提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam 提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools vi...
tview能直观的显示出reads比对基因组的情况,和基因组浏览器有点类似。 基本用法: samtools tview test.bam ref.fasta 当给出参考基因组的时候,会在第一排显示参考基因组的序列,按下 g ,则提示输入要到达基因组的某一个位点。Ctrl+H 向左移动1kb碱基距离;Ctrl+L 向右移动1kb碱基距离。可以用颜色标注比对质量,...
-T:使用fasta格式的参考序列 实例演示: bam文件转换为sam文件 samtools view -h smallNA06985 > test.sam sam文件转换为bam文件 samtools view -bS -1 test.sam > test.bam 提取比对到参考基因组上的数据 samtools view -bF 4 test.bam > test.F.bam 提取没有比对到参考基因组上的数据 samtools view -b...
$ samtools view –T genome.fasta -h scaffold1 > scaffold1.h.bam 根据fasta文件,将header加入到sam或bam文件中 $ samtools sort sample.bam sample.sort.bam 排序,按序列在fasta中的顺序排序 $ samtools merge out.bam in1.bam in2.bam in3.bam 将bam文件合并并排序 $ samtools index sample.sort.bam ...
#index/public/home/genome/rice/rice.fasta #bwa mem——mapping bwa mem-t4-M-P-R'@RG\tID:N601\tSM:N601\tLB:N601\tPL:Illumina'/public/home/genome/rice/rice.fastaN601_1.fq.gzN601_2.fq.gz|samtools view-bh-@28-q20->N601.bam ...
1、program: samtools (tools for alignments in the sam format) version: 0.1.19-44428cd usage: samtools options command: view sambam conversion sort sort alignment file mpileup multi-way pileup depth compute the depth faidx index/extract fasta tview text alignment viewer index index alignment ...
faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除
生成了索引文件fasta.fai,是一个文本文件,分成了5列。 于是通过此文件,可以定位子序列在fasta文件在磁盘上的存放位置,直接快速调出子序列。 由于有索引文件,可以使用以下命令很快从基因组中提取到fasta格式的子序列 提取序列如下图: tview能直观的显示出reads比对基因组的情况,和基因组浏览器有点类似。 当给出参考...
faidx: 建立FASTA索引,提取部分序列 tview: 文本格式查看序列 pileup: 产生基于位置的结果和 consensus/indel calling 3.最常用的三板斧就是格式转换,排序,索引 转换:samtools view -S SRR3589912.sam-b > SRR3589912.bam(-S是最新版的samtools为了兼容以前的版本写的) ...
9. 根据fasta文件，将header加入到sam或bam文件中。10. 对sam文件进行排序，按序列在fasta中的顺序排序。11. 将bam文件合并并排序。12. 生成索引，产生.bai文件，用于快速检索reads，必须进行排序后再index。tview前就需要index。13. 对基因组fasta序列索引，生成fai文件。14. 快速提取fasta格式子序列。